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D-2-萘基丙氨酸的参数生成？

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灵芝5

发布时间: 2023-1-19 17:19

正文摘要:

请问一下，D-2-萘基丙氨酸的力场参数怎么生成？可以用pdb2gmx生成吗？

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灵芝5 发表于 Post on 2023-2-4 15:42:11

你好，我跑的体系是用CHARMM36力场模拟膜蛋白和肽激动剂，但是Sobtop程序是用GAFF力场，这2种力场不能合用；
现在肽中间参数已经有了，而且实验了NAL在肽中间时可以正常生成参数，但是NAL在这个肽的2端，加离子时报错说没有NAL与端基N和C的二面角参数，请问有什么办法可以生成与CHARMM36力场匹配的这2种二面角参数吗？

牧生 发表于 Post on 2023-1-19 18:49:16

http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex2

看这个例子

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