D-2-萘基丙氨酸的参数生成？

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-1-19 17:19:26

请问一下，D-2-萘基丙氨酸的力场参数怎么生成？可以用pdb2gmx生成吗？

牧生 · 发表于 Post on 2023-1-19 18:49:16

http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex2

看这个例子

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-2-3 21:40:45

感谢老师回复！

我想做一个膜蛋白和一个肽激动剂的模拟，用的CHARMM36力场，当NAL在肽链的N端和C端时，加离子时报错说没有NAL与端基N和C的二面角参数；但是当把NAL放在肽链中间，NAL的参数可以正常生成。我看了标准氨基酸分别在中间和2端时，它与端基N和C的参数是不同的。请问为什么NAL在肽中间的参数CHARMM里已经有了，而NAL在N和C端的参数在CHARMM力场里找不到？

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-2-4 15:42:11

你好，我跑的体系是用CHARMM36力场模拟膜蛋白和肽激动剂，但是Sobtop程序是用GAFF力场，这2种力场不能合用；
现在肽中间参数已经有了，而且实验了NAL在肽中间时可以正常生成参数，但是NAL在这个肽的2端，加离子时报错说没有NAL与端基N和C的二面角参数，请问有什么办法可以生成与CHARMM36力场匹配的这2种二面角参数吗？

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[GROMACS] D-2-萘基丙氨酸的参数生成？

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