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CHARMM力场中有NAL氨基酸，为什么没有NAL和N端N基的二面角参数？

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发布时间: 2023-2-1 19:12

正文摘要:

您好！我在CHARMM36的aminoacid.itp文件中看到有NAL的参数，如下图；当NAL在N端和C端时，加离子程序报错说没有NAL的CA\CB\CG原子与N端N和C端C形成的二面角，请问这是因为？怎么可以生成这2部分的参数？

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喵星大佬 发表于 Post on 2023-2-1 20:56:43

你去看ffbonded.itp里有没有对应原子类型的二面角呗，.rtp里没写就会去找对应原子类型的，没有就借一个差不多的原子类型的来

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