CHARMM力场中有NAL氨基酸，为什么没有NAL和N端N基的二面角参数？

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-2-1 19:12:01

您好！

我在CHARMM36的aminoacid.itp文件中看到有NAL的参数，如下图；当NAL在N端和C端时，加离子程序报错说没有NAL的CA\CB\CG原子与N端N和C端C形成的二面角，请问这是因为？怎么可以生成这2部分的参数？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-2-1 20:56:43

你去看ffbonded.itp里有没有对应原子类型的二面角呗，.rtp里没写就会去找对应原子类型的，没有就借一个差不多的原子类型的来

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-2-2 10:35:23

本帖最后由灵芝5 于 2023-2-2 10:38 编辑

看了ffbonded.itp没有这种二面角项，这个氨基酸里有一个萘基，所以CB和CG的原子类型不同于常见20种氨基酸，把NAL的CB和CG的原子类型改为与PHECG和CB一样后，程序仍然报错，CG\CB与NAL其它原子的参数没有；

但是把NAL放在肽链中间部分，可以正确生成NAL的参数，可能是NAL与端基的参数没有。
请问怎么生成NAL与端基的参数？

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[GROMACS] CHARMM力场中有NAL氨基酸，为什么没有NAL和N端N基的二面角参数？

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