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Gromacs模拟三元复合物体系在添加离子的步骤中报错问题

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李西华

发布时间: 2023-2-9 13:54

正文摘要:

各位老师好，学生因课题需要需模拟protac-蛋白三元复合物体系。以下是学生的步骤： 1、根据文献方法，下载pdb晶体结构（pdb id ：5T35），后在DS中除水处理，分别保存蛋白文件和配体文件（https://doi.org/10.102 ...

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李西华 发表于 Post on 2023-2-9 21:56:25

Jotaro 发表于 2023-2-9 21:18
测试过之后应该是可以了，因为没有solv.gro我自己加了些水，所以出现了数目不匹配的报错，amber99sb有些老 ...

好的好的，太感谢老师了，学生下来重新试试

Jotaro 发表于 Post on 2023-2-9 21:18:32

本帖最后由 Jotaro 于 2023-2-9 21:21 编辑

测试过之后应该是可以了，因为没有solv.gro我自己加了些水，所以出现了数目不匹配的报错，amber99sb有些老，能amber14sb最好
解决方法：
1、按照sobtop例2创建配体itp文件，不要做任何改动
2、删除蛋白质A和蛋白质B拓扑文件中include配体prm部分
3、在总拓扑文件topol.top引用蛋白质之前，引用力场之后引用included文件，如图二所示

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