Gromacs模拟三元复合物体系在添加离子的步骤中报错问题

李西华 · 发表于 Post on 2023-2-9 13:54:37

各位老师好，学生因课题需要需模拟protac-蛋白三元复合物体系。
以下是学生的步骤：
1、根据文献方法，下载pdb晶体结构（pdb id ：5T35），后在DS中除水处理，分别保存蛋白文件和配体文件（https://doi.org/10.1021/acs.jcim.1c01036）
蛋白质力场为AMBER99SB-ILDN，配体力场为gaff，但是在线acpype排队较长，我换成在线CGenFF。
2、因没在看到有类似protac的贴子，随按照此教程处理（http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/index.html）
在输入gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top-o ions.tpr后报错

根据提示检查配体prm文件，但初学gromacs，看文件不是很了解错误点在哪里。（怀疑是晶体结构文件的问题，我换了一个id：7z76还是有提示类似的错误Unknown bond_atomtype CG2O1）
3、意识到可能是配体文件问题后，于是用sob老师的sobtop处理配体，按照（例2：产生苯甲酸甲酯的GROMACS的拓扑和gro文件）进行处理
后报错，缺失参数太多有点无从下手

问题：请问一下各位老师，这是配体文件的问题还是生成力场文件的问题呢？具体在哪一步出错了呢？

Jotaro · 发表于 Post on 2023-2-9 19:29:00

配体一般提供一个itp就够了

李西华 · 发表于 Post on 2023-2-9 19:57:53

Jotaro 发表于 2023-2-9 19:29
配体一般提供一个itp就够了

老师您好，不好意思没看懂，是生成itp文件的问题吗

李西华 · 发表于 Post on 2023-2-9 19:58:37

老师这个是配体的itp文件

Jotaro · 发表于 Post on 2023-2-9 20:04:54

李西华发表于 2023-2-9 19:58
老师这个是配体的itp文件

你用的文件和命令打包发一下

李西华 · 发表于 Post on 2023-2-9 20:12:00

本帖最后由李西华于 2023-2-9 20:16 编辑

老师这个是模拟用的文件和部分已生成文件@Jotaro

李西华 · 发表于 Post on 2023-2-9 20:13:22

Jotaro 发表于 2023-2-9 20:04
你用的文件和命令打包发一下

老师楼上是附件

Jotaro · 发表于 Post on 2023-2-9 20:21:10

李西华发表于 2023-2-9 20:13
老师楼上是附件

没有solv.gro和ions.mdp

李西华 · 发表于 Post on 2023-2-9 20:29:35

抱歉老师，solv.gro文件太大无法上传。ions.mdp文件由于我是直接从教程里下载的，刚刚就没压缩在包里

Jotaro · 发表于 Post on 2023-2-9 21:18:32

本帖最后由 Jotaro 于 2023-2-9 21:21 编辑

测试过之后应该是可以了，因为没有solv.gro我自己加了些水，所以出现了数目不匹配的报错，amber99sb有些老，能amber14sb最好
解决方法：
1、按照sobtop例2创建配体itp文件，不要做任何改动
2、删除蛋白质A和蛋白质B拓扑文件中include配体prm部分
3、在总拓扑文件topol.top引用蛋白质之前，引用力场之后引用included文件，如图二所示

李西华 · 发表于 Post on 2023-2-9 21:56:25

Jotaro 发表于 2023-2-9 21:18
测试过之后应该是可以了，因为没有solv.gro我自己加了些水，所以出现了数目不匹配的报错，amber99sb有些老 ...

好的好的，太感谢老师了，学生下来重新试试

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