sobereva 发表于 2023-2-15 05:32
你是指gmx traj结合-mol的情况？
这种情况，组里面要写分子序号（对应gro里的残基号）。参考https://gro ...

好的好的，感谢sob老师

MZTNXWXBCLA 发表于 2023-2-14 10:47
好的，谢谢sob老师，那我这个index文件是应该每个分子只保留一个原子序号来让gmx traj获取分子的速度吗（ ...

你是指gmx traj结合-mol的情况？
这种情况，组里面要写分子序号（对应gro里的残基号）。参考https://gromacs.org-gmx-users.maillist.sys.kth.narkive.com/LpDQkhDk/gmx-users-correct-use-of-gmx-traj-mol

index文件没有什么“对分子而言”的概念
里面只有不同的组，每个组里记录的都是原子序号，而且原子序号是用的全局序号，与gro文件相对应。