计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1276|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:利用gmx traj获取分子质心速度时的index文件问题

[复制链接 Copy URL]

12

帖子

0

威望

247

eV
积分
259

Level 3 能力者

我的模拟体系里有100个烷烃C7H16,1000个N2,烷烃的残基名为UNK。gro文件里的前100个分子都是该烷烃。我利用gmx select或者make_ndx生成的index都是原子的序列,gmx traj读取该index文件后总是显示molecule index (1101) is out of range (1-1100)
那么这个index文件对于分子的情况而言,是应该[ UNK ]下,写上1   2   3.....100这样就可以了吗?

GRO.png (686.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

gro文件

gro文件

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125128

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-2-14 09:27:50 | 只看该作者 Only view this author
index文件没有什么“对分子而言”的概念
里面只有不同的组,每个组里记录的都是原子序号,而且原子序号是用的全局序号,与gro文件相对应。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

12

帖子

0

威望

247

eV
积分
259

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-14 10:47:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-14 09:27
index文件没有什么“对分子而言”的概念
里面只有不同的组,每个组里记录的都是原子序号,而且原子序号是 ...

好的,谢谢sob老师,那我这个index文件是应该每个分子只保留一个原子序号来让gmx traj获取分子的速度吗(就是1-23只留一个1,24-46只留一个2这样)还是说应该用vmd统计轨迹来获取分子的速度?

UNK_index.png (685.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

UNK_index.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125128

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-2-15 05:32:21 | 只看该作者 Only view this author
MZTNXWXBCLA 发表于 2023-2-14 10:47
好的,谢谢sob老师,那我这个index文件是应该每个分子只保留一个原子序号来让gmx traj获取分子的速度吗( ...

你是指gmx traj结合-mol的情况?
这种情况,组里面要写分子序号(对应gro里的残基号)。参考https://gromacs.org-gmx-users.maillist.sys.kth.narkive.com/LpDQkhDk/gmx-users-correct-use-of-gmx-traj-mol
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

12

帖子

0

威望

247

eV
积分
259

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-15 08:37:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-15 05:32
你是指gmx traj结合-mol的情况?
这种情况,组里面要写分子序号(对应gro里的残基号)。参考https://gro ...

好的好的,感谢sob老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 02:27 , Processed in 0.237935 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list