请问gromacs可以不加配体只跑空蛋白作为对照组吗

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发布时间: 2023-2-21 00:00

本帖最后由 liyu0704 于 2023-2-27 16:41 编辑各位老师好，我跑了一下gromacs动力学模拟，分了四个组分别是蛋白+抑制剂1、蛋白+抑制剂2、蛋白+抑制剂3、没有配体的空蛋白。跑完20ns模拟后，导出了4个rmsd图， ...

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pangpang 发表于 Post on 2023-7-3 15:45:08

你好，可以发我一下跑空蛋白的文件和流程吗？

liyu0704 发表于 Post on 2023-2-27 16:48:26

跟团队里的老师询问了一下发现是蛋白导出的时候选错体系了，所以初始rmsd会很高，已进行更正。

q11pet28abl21 发表于 Post on 2023-2-22 08:43:38

用的是预测的结构吗？loop区多，所以RMSD初始这么大？

夏一天 发表于 Post on 2023-2-21 21:08:58

空蛋白怎么这么大的rmsd？起始就将近5nm？

2535882172 发表于 Post on 2023-2-21 18:17:49

你这个蛋白纵坐标是nm？

sobereva 发表于 Post on 2023-2-21 03:10:40

可以说明配体的存在令蛋白质的刚性变得更强
也可以计算不同残基各自的RMSD以更具体考察配体对不同区域柔性的影响

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