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[GROMACS] 请问gromacs可以不加配体只跑空蛋白作为对照组吗

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本帖最后由 liyu0704 于 2023-2-27 16:41 编辑

各位老师好,我跑了一下gromacs动力学模拟,分了四个组分别是蛋白+抑制剂1、蛋白+抑制剂2、蛋白+抑制剂3、没有配体的空蛋白
跑完20ns模拟后,导出了4个rmsd图,如下图所示:

我将没有配体的空蛋白作为对照组,将加有抑制剂1、2、3作为配体的三组作为实验组
分析发现加了抑制剂的体系相较于无配体的空蛋白组,其rmsd值更低,说明构象变化小。
证明抑制剂与该蛋白具有较好的结合效果。
请问这样将空蛋白作为对照组的方法是否可行?

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发表于 Post on 2023-2-21 03:10:40 | 只看该作者 Only view this author
可以说明配体的存在令蛋白质的刚性变得更强
也可以计算不同残基各自的RMSD以更具体考察配体对不同区域柔性的影响
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发表于 Post on 2023-2-21 18:17:49 | 只看该作者 Only view this author
你这个蛋白纵坐标是nm?

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发表于 Post on 2023-2-21 21:08:58 | 只看该作者 Only view this author
空蛋白怎么这么大的rmsd?起始就将近5nm?

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发表于 Post on 2023-2-22 08:43:38 | 只看该作者 Only view this author
用的是预测的结构吗?loop区多,所以RMSD初始这么大?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-27 16:48:26 | 只看该作者 Only view this author
跟团队里的老师询问了一下发现是蛋白导出的时候选错体系了,所以初始rmsd会很高,已进行更正。

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发表于 Post on 2023-7-3 15:45:08 | 只看该作者 Only view this author
你好,可以发我一下跑空蛋白的文件和流程吗?

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