加抗衡电荷后体系电荷仍然不是零问题求助

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发布时间: 2023-2-23 19:12

社长好，我在利用蛋白Gromos54a7力场+ATB生成的小分子拓扑文件进行复合物的模拟，在添加完抗衡电荷后发现体系电荷仍不是零，是非整数，因此出现了如图的警告，之前用AMBER力场没出现过这个问题，想问下社长，这个问 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-3-1 15:38:53

uenh1998 发表于 2023-2-28 19:06
感谢社长的指导，我把Slipid的itp相关参数复制到OL15力场包ffnonbonded.itp里面进行膜蛋白模拟，到插入膜 ...

能插进去就行，跑完NPT后自发就调节合适了

uenh1998 发表于 Post on 2023-2-28 19:06:42

sobereva 发表于 2023-2-27 04:07
力场包里的ffnonbonded.itp里有NTL的定义

感谢社长的指导，我把Slipid的itp相关参数复制到OL15力场包ffnonbonded.itp里面进行膜蛋白模拟，到插入膜前一切正常，插入膜时出现了settle的错误，按培训资料处理，增大rad。如图，增大到rad0.54时正常插膜模拟。想问下社长这个rad是不是有点太大了呢

sobereva 发表于 Post on 2023-2-27 04:07:36

uenh1998 发表于 2023-2-26 23:49
感谢社长，根据老师的指导，我从Slipid 网站上下载了DPPC的膜itp 和预平衡好的pdb文件，今天已 ...

力场包里的ffnonbonded.itp里有NTL的定义

sobereva 发表于 Post on 2023-2-26 03:07:36

uenh1998 发表于 2023-2-25 09:53
因为牵扯到膜蛋白，所以是用的gromos力场，但是ATB官网上的itp文件参数不太合理，单独跑都会跑散。

算膜蛋白跟GROMOS有什么必然联系？
GAFF描述小分子+AMBER描述蛋白质+Slipid/Lipid等兼容AMBER的磷脂力场，跑得完美极了

uenh1998 发表于 Post on 2023-2-25 09:53:56

sobereva 发表于 2023-2-25 03:44
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428- ...

因为牵扯到膜蛋白，所以是用的gromos力场，但是ATB官网上的itp文件参数不太合理，单独跑都会跑散。

sobereva 发表于 Post on 2023-2-25 03:44:02

uenh1998 发表于 2023-2-24 19:09
感谢社长的指导，问题已解决，还有一个小问题想问下社长。除了ATB网站得到的基于Gromos力场小分 ...

几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

其中强烈建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）。除非死活非要用CHARMM/GROMOS/OPLS-AA力场，否则没有什么不用sobtop的理由

uenh1998 发表于 Post on 2023-2-24 19:09:01

sobereva 发表于 2023-2-24 05:46
必须解决
检查每类分子中原子电荷的加和，搞清楚什么导致不为整数

感谢社长的指导，问题已解决，还有一个小问题想问下社长。除了ATB网站得到的基于Gromos力场小分子的拓扑文件参数外，还有其他途径通过上传pdb/mol2文件就得到拓扑文件的途径吗。

sobereva 发表于 Post on 2023-2-24 05:46:52

必须解决
检查每类分子中原子电荷的加和，搞清楚什么导致不为整数

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