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[GROMACS] 加抗衡电荷后体系电荷仍然不是零问题求助

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社长好,我在利用 蛋白Gromos54a7力场+ATB生成的小分子拓扑文件进行复合物的模拟,在添加完抗衡电荷后发现体系电荷仍不是零,是非整数,因此出现了如图的警告,之前用AMBER力场没出现过这个问题,想问下社长,这个问题需要管吗,会不会对模拟结果带来什么不好的影响,应该怎么解决呢。

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发表于 Post on 2023-2-24 05:46:52 | 只看该作者 Only view this author
必须解决
检查每类分子中原子电荷的加和,搞清楚什么导致不为整数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-24 19:09:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-24 05:46
必须解决
检查每类分子中原子电荷的加和,搞清楚什么导致不为整数

        感谢社长的指导,问题已解决,还有一个小问题想问下社长。除了ATB网站得到的基于Gromos力场小分子的拓扑文件参数外,还有其他途径通过上传pdb/mol2文件就得到拓扑文件的途径吗。

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发表于 Post on 2023-2-25 03:44:02 | 只看该作者 Only view this author
uenh1998 发表于 2023-2-24 19:09
感谢社长的指导,问题已解决,还有一个小问题想问下社长。除了ATB网站得到的基于Gromos力场小分 ...

几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

其中强烈建议用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)。除非死活非要用CHARMM/GROMOS/OPLS-AA力场,否则没有什么不用sobtop的理由
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-25 09:53:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-25 03:44
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266(http://bbs.keinsci.com/thread-428- ...

因为牵扯到膜蛋白,所以是用的gromos力场,但是ATB官网上的itp文件参数不太合理,单独跑都会跑散。
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发表于 Post on 2023-2-26 03:07:36 | 只看该作者 Only view this author
uenh1998 发表于 2023-2-25 09:53
因为牵扯到膜蛋白,所以是用的gromos力场,但是ATB官网上的itp文件参数不太合理,单独跑都会跑散。

算膜蛋白跟GROMOS有什么必然联系?
GAFF描述小分子+AMBER描述蛋白质+Slipid/Lipid等兼容AMBER的磷脂力场,跑得完美极了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-26 23:49:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-26 03:07
算膜蛋白跟GROMOS有什么必然联系?
GAFF描述小分子+AMBER描述蛋白质+Slipid/Lipid等兼容AMBER的磷脂力场 ...

         感谢社长,根据老师的指导,我从Slipid 网站上下载了DPPC的膜itp 和预平衡好的pdb文件,今天已经建好了复合物的模型,蛋白力场用AMBER14SB OL15 配体用GAFF。
      但是当利用gmx运行将蛋白嵌入膜的过程时,出现了这个问题:
      问题描述是NTL原子类型无法找到,于是查看下载的itp文件:
      既然Slipid兼容AMBER力场,按理说下载下来的膜itp文件应该没问题。这个情况应该怎么处理呢?是一步步对照OL15力场的参数文件一个一个修改吗。


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uenh1998 发表于 2023-2-26 23:49
感谢社长,根据老师的指导,我从Slipid 网站上下载了DPPC的膜itp 和预平衡好的pdb文件,今天已 ...

力场包里的ffnonbonded.itp里有NTL的定义
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sobereva 发表于 2023-2-27 04:07
力场包里的ffnonbonded.itp里有NTL的定义

感谢社长的指导,我把Slipid的itp相关参数复制到OL15力场包ffnonbonded.itp里面进行膜蛋白模拟,到插入膜前一切正常,插入膜时出现了settle的错误,按培训资料处理,增大rad。如图,增大到rad0.54时正常插膜模拟。想问下社长这个rad是不是有点太大了呢
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uenh1998 发表于 2023-2-28 19:06
感谢社长的指导,我把Slipid的itp相关参数复制到OL15力场包ffnonbonded.itp里面进行膜蛋白模拟,到插入膜 ...

能插进去就行,跑完NPT后自发就调节合适了
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