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做AIMD时输入结构优化后还有必要在常温常压下做弛豫吗

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luzujia

发布时间: 2023-2-28 15:42

正文摘要:

最近想用CP2K算一下高温分解动力学，用cif文件扩展的超胞作为输入结构。看了领域内一个大佬课题组的文章，发现他们在对超胞进行优化后还在常温常压下进行NPT弛豫，再拿弛豫好的结构跑高温下的NVT动力学。我个人感觉 ...

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相信永远的雪 发表于 Post on 2024-6-3 20:42:22

936039846 发表于 2024-6-3 09:14
vasp也是这样吗

VASP可以使用多个K点做AIMD。但一般AIMD也用超胞来做

936039846 发表于 Post on 2024-6-3 09:14:11

相信永远的雪发表于 2024-6-2 10:49
我的理解是，CP2K用的单gamma点，所以需要大点的超胞做AIMD

vasp也是这样吗

相信永远的雪 发表于 Post on 2024-6-2 10:49:11

936039846 发表于 2024-6-2 10:16
为什么用超胞而不用原胞呢，原胞明明更节约计算量

我的理解是，CP2K用的单gamma点，所以需要大点的超胞做AIMD

936039846 发表于 Post on 2024-6-2 10:16:04

为什么用超胞而不用原胞呢，原胞明明更节约计算量

sobereva 发表于 Post on 2023-3-2 14:21:53

luzujia 发表于 2023-3-2 12:03
谢谢社长解惑！
您说的盒子尺寸平衡问题，是在什么温度下跑动力学就应该在什么温度下用NPT对盒子尺寸进 ...

是

可能

VMD做wrap丝毫不麻烦，简单极了。什么xst那才是舍近求远

NPT下你让CP2K的动力学轨迹以pdb格式产生，里面就包含每帧的盒子信息，直接就能用pbc wrap

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luzujia	+ 5	谢谢社长！

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luzujia 发表于 Post on 2023-3-2 12:03:56

sobereva 发表于 2023-3-2 07:01
对

但注意NVT的盒子尺寸问题。假设忽略了温度导致的体系膨胀问题，理应先做NPT达到盒子尺寸的平衡，再用 ...

谢谢社长解惑！
您说的盒子尺寸平衡问题，是在什么温度下跑动力学就应该在什么温度下用NPT对盒子尺寸进行平衡吧？
如果是高温模拟的话可能盒子还没平衡，分解就已经开始了？
如果是这样那就按您说的直接用NPT跑高温动力学就好了，但在用VMD做wrap的时候又很麻烦，目录我能想到的方法就是参考http://bbs.keinsci.com/thread-3552-1-1.html中十楼的说法把cp2k输出的盒子信息包装成xst文件，不知道还有没有更方便的方法？

sobereva 发表于 Post on 2023-3-2 07:01:38

对

但注意NVT的盒子尺寸问题。假设忽略了温度导致的体系膨胀问题，理应先做NPT达到盒子尺寸的平衡，再用平均盒子尺寸做NVT。
没前提情况下，高温模拟时也没理由必须用NVT，用NPT完全可以，此时还能自然而然地合理考虑热膨胀效应

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