一整块扣肉 发表于 2022-3-23 16:28
怎么修改盒子的框线呀？

说清楚你想怎么改

同一个问题不得在论坛两处同时问，你单独发的帖子已经被我删了

怎么修改盒子的框线呀？

qw7706885er 发表于 2016-7-1 18:38
请问老师，在MS里将输出盒子尺寸信息修改成xst格式应该怎么改，刚学不太懂这些

xst就是记录了轨迹中每一帧的盒子信息 格式非常简单 从ms里面复制出来简单修改即可 xst具体格式信息可以看NAMD软件的手册

tobeant 发表于 2016-6-21 09:03
顺序写反了
先pbc set 再pbc wrap
手机回复比较麻烦，见谅

请问老师，在MS里将输出盒子尺寸信息修改成xst格式应该怎么改，刚学不太懂这些

tobeant 发表于 2016-6-21 09:03
顺序写反了
先pbc set 再pbc wrap
手机回复比较麻烦，见谅

谢谢老师

顺序写反了
先pbc set 再pbc wrap
手机回复比较麻烦，见谅

1.如果ms中运行的是nvt
在vmd中pbc wrap -center unitcell -compound resid -all
然后pbc set ｛a b c｝
再pbc box
2. 如果ms中运行的是npt
从ms中把输出盒子尺寸信息修改成xst格式
在vmd中pbc readxst file.xst -all
pbc wrap ...
pbc box

以上两种情况我都测试过，没有问题，关键是pbc wrap 中的-compound选项可以保证在wrap
过程中resid不发生分离

sobereva 发表于 2016-6-18 12:40
点数字键1，然后点不同的分子，如果命令行窗口里显示的residue是不同的，而且结构文件里甲烷和是分子的分 ...

恩恩 知道了 谢谢老师

qw7706885er 发表于 2016-6-18 11:12
老师 我想问下有没有办法分开设置甲烷分子中C-H键和水分子中O-H键的distance cutoff

点数字键1，然后点不同的分子，如果命令行窗口里显示的residue是不同的，而且结构文件里甲烷和是分子的分开记录的，比如水分子是1-1000，甲烷是1001-1500分子，那么representation你建立两个，一个是residue 1 to 1000，一个是residue 1001 to 1500。分别设distance cutoff

sobereva 发表于 2016-6-18 10:51
distance cutoff调节不管用那就没其它办法了

老师 我想问下有没有办法分开设置甲烷分子中C-H键和水分子中O-H键的distance cutoff

qw7706885er 发表于 2016-6-18 10:39
老师，我换成dynamicbonds后，发现很多水分子直接连在一起了，调节distance cutoff得到的结果也不太理想
...

distance cutoff调节不管用那就没其它办法了

qw7706885er 发表于 2016-6-17 23:05
sob老师，我用pbc set  {a b c alpha beta gamma} -all
pbc box - ...

drawing method用dynamic bonds