本帖最后由 Caroline2022 于 2023-3-20 19:05 编辑 wzkchem5 发表于 2023-3-20 17:03 老师，我的问题解决了，今天下午又将Sob老师的方法仔细读了一遍，发现一个可能遗漏的点，把make all install后面的-j去掉后就顺利安装完成了，还是自己不够仔细，原来Sob老师已经把可能出现的情况都给大家想到了。 |
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Caroline2022 发表于 2023-3-20 07:08 检查一下这个FAQ是不是只适用于某个版本以后的openmpi，而不适用于3.1.3 |
Caroline2022 发表于 2023-3-20 02:50 可以 |
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在OpenMPI官网FAQ中看到的一段关于新旧版本替换的文字： Install newer versions of Open MPI into a different directory. For example, install into /opt/openmpi-a.b.c and /opt/openmpi-x.y.z for versions a.b.c and x.y.z, respectively. Completely uninstall the old version of Open MPI before installing the new version. The make uninstall process from Open MPI a.b.c build tree should completely uninstall that version from the installation tree, making it safe to install a new version (e.g., version x.y.z) into the same installation tree. Remove the old installation directory entirely and then install the new version. For example "rm -rf /opt/openmpi" *(assuming that there is nothing else of value in this tree!)* The installation of Open MPI x.y.z will safely re-create the /opt/openmpi tree. This method is preferable if you no longer have the source and build trees to Open MPI a.b.c available from which to "make uninstall". Go into the Open MPI a.b.c installation directory and manually remove all old Open MPI files. Then install Open MPI x.y.z into the same installation directory. This can be a somewhat painful, annoying, and error-prone process. We do not recommend it. Indeed, if you no longer have access to the original Open MPI a.b.c source and build trees, it may be far simpler to download Open MPI version a.b.c again from the Open MPI web site, configure it with the same installation prefix, and then run "make uninstall". Or use one of the other methods, above. 我在原来装错的openmpi313目录下打开终端，输入make uninstall命令后，显示的是：make: *** No rule to make target `uninstall'. Stop. |
wzkchem5 发表于 2023-3-17 20:32 老师，再请教您一个问题：我目前的情况是只完成了编译，然后安装时遇到错误所以终止了，那么我现在如果想尝试重新编译和安装的话，可以直接把这个文件夹（即/sob/openmpi-4.1.1或/sy/openmpi-4.1.1/lib文件夹）删除掉么？ |
wzkchem5 发表于 2023-3-17 20:32 谢谢您，我周一再找朋友帮我Google一下 |
abin 发表于 2023-3-17 20:10 老师，我前几天也看到您这个帖子，还没来得及仔细研究和尝试。不知道这样安装的ORCA可以被Molclus调用么？我是仿照SOb老师的这篇帖子http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html中的方法寻找高分子材料的不同构型时需要安装ORCA。 |
Caroline2022 发表于 2023-3-17 11:48 那再搜一下openmpi编译时遇到的loT文件是干什么用的 |
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或者 试试这种方案 http://bbs.keinsci.com/thread-26418-1-1.html 或者编译openMPI的时候，- -prefix = App1 每次更换App中的数字， 就可以了。 【以普通用户源码编译安装 gcc9 套件-哔哩哔哩】 https://b23.tv/OQSFZU1 可以观摩这里，写prefix 路径，可以很灵活的。 |
wzkchem5 发表于 2023-3-17 18:23 我检查了一遍，感觉不应该是手抖或者误操作。在两个不同的文件夹下编译安装了两次，都还是一样的错误提示。 |
Caroline2022 发表于 2023-3-17 11:01 那检查一下是不是configure的时候手抖了，或者因为什么其他原因误操作，导致在相关文件的某些地方不小心加了字母T |
wzkchem5 发表于 2023-3-17 17:03 老师，我在论坛和Sob老师的博客以及google中搜索了opal datatype position这几个关键词，都没有找到相关的信息。但是我在/sy/openmpi-4.1.1/opal/datatype文件夹中找到了opal_datatype_position.lo文件，不知道这个lo文件和报错中的loT文件有什么关系么？ 然后后面的几个错误提示中 mv: cannot stat 'opal_datatype_position.loT': No such file or directory mv: cannot stat 'opal_datatype_fake_stack.loT': No such file or directory mv: cannot stat 'opal_datatype_destroy.loT': No such file or directory mv: cannot stat 'opal_datatype_resize.loT': No such file or directory mv: cannot stat ‘.deps/opal_datatype_position.Tpo’: No such file or directory mv: cannot stat 'opal_datatype_clone.loT': No such file or directory opal_datatype_position，opal_datatype_fake_stack，opal_datatype_destroy，opal_datatype_resize，opal_datatype_clone也都找到了.lo文件，但是没有.loT文件。 |
Caroline2022 发表于 2023-3-17 09:26 报错信息说了 mv: cannot stat 'opal_datatype_position.loT': No such file or directory 也就是说，make过程中，需要移动一个叫opal_datatype_position.loT的文件，但是找不到这个文件。 那么现在问题就是，到底是本来就应该有这个文件，但是实际上没有产生呢？还是要移动另一个文件，但是make把这个文件的名字搞错了呢？ 所以首先要做的事情是，搜一下这种报错信息（注意重点在于opal_datatype_position.loT等文件名，前后反而不重要），如果有别人遇到过的话，很可能可以搜到 |
wzkchem5 发表于 2023-3-17 14:06 老师，执行make all install -j 后终端的输出拷贝在下面的txt文件中了，有Error. 
sy_make_all_install.txt
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