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已解决 借鉴CHARMM TIP3P修改O3的范德华参数可以解决该问题 |
WuQs 发表于 2023-3-28 20:44 这种情况上面的氢原子对应的原子类型的范德华参数为0（力场的定义） |
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| + 3 | 谢谢 |
sobereva 发表于 2023-3-20 15:17 sob老师我有个问题，为什么这种静电吸引会导致H和O完全重合呢，按理说无限接近的时候应该有很大的斥力才对 |
本帖最后由 牧生 于 2023-3-22 13:55 编辑 WuQs 发表于 2023-3-22 10:39 你试试我这个，已经替换为RESP电荷 
f5.chg
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f5.itp
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f5.mol2
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| 参与人数Participants 1 | eV +4 | 收起 理由Reason |
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| + 4 | 虽然但是还是非常感谢 |
WuQs 发表于 2023-3-21 22:38 注意VMD的成键判断规则，看下文 谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题 http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html） 应当让VMD重新判断成键。从你当前的图来看，原子间距离、角度等都没有异常，重新判断成键后应该看起来很正常。 |
本帖最后由 WuQs 于 2023-3-20 19:45 编辑 sobereva 发表于 2023-3-20 15:17 感谢sob老师，我没有说清楚，确实是高斯和multiwfn一起结合算的RESP电荷；也是学着sob老师的博文做的。 自旋度我一直说习惯了，说着说着就忘了本来的名字，我的错，不好意思。 太感谢了，我一直觉得是高斯的命令没用好，但是我没有系统的学习过高斯的使用。 我去试试，如果能解决的话会来更新帖子。 |
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Gaussian根本没法计算RESP电荷，结合Multiwfn才能计算 RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算 http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html） 计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果） http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html） 没有叫"自旋度"的词，那叫自旋多重度 带负电荷这么多的体系得到波函数的时候至少要对带显著负电荷的部分带弥散函数 仔细照着检查http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8。里面专门还提到过 比如曾经我用某个程序产生带磺酸基的分子的拓扑文件... |
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| + 4 | 谢谢，感动终于有希望了 |
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