求助：请问为什么碳纳米管做能量最小化之后总是卷起来？

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发布时间: 2023-4-19 13:27

本帖最后由 Lisy 于 2023-4-19 15:24 编辑请问为什么碳纳米管用gromacs做能量最小化之后总是卷起来？我碳纳米管的力场是用sobtop生成的

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脏脏阳 发表于 Post on 2023-6-1 19:09:33

slxc920113 发表于 2023-6-1 14:08
大概率是因为mol2文件里面存在跨晶胞的成键关系，而同时里面又没有写晶胞信息。
1. 如果是要当作周期性体 ...

方法一是直接在mdp文件里面加上CRYSIN字段就可以了是吗

slxc920113 发表于 Post on 2023-6-1 14:08:11

大概率是因为mol2文件里面存在跨晶胞的成键关系，而同时里面又没有写晶胞信息。
1. 如果是要当作周期性体系处理，就加上CRYSIN字段。
2. 如果要当作孤立体系，那就删除跨盒子的键连关系（gaussView打开之后点击clean重新判断成键）。
3. 边缘的C补上H进行饱和也不失为一个好办法。

脏脏阳 发表于 Post on 2023-5-30 15:26:00

你好，我也遇到了这个问题，请问解决了吗

sobereva 发表于 Post on 2023-4-20 04:52:52

sobtop主页上都有纳米管的例子http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex7，照着检查

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