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[GROMACS] 求助:请问为什么碳纳米管做能量最小化之后总是卷起来?

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本帖最后由 Lisy 于 2023-4-19 15:24 编辑

请问为什么碳纳米管用gromacs做能量最小化之后总是卷起来?我碳纳米管的力场是用sobtop生成的

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发表于 Post on 2023-4-20 04:52:52 | 只看该作者 Only view this author
sobtop主页上都有纳米管的例子http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex7,照着检查
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2023-5-30 15:26:00 | 只看该作者 Only view this author
你好,我也遇到了这个问题,请问解决了吗

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发表于 Post on 2023-6-1 14:08:11 | 只看该作者 Only view this author
大概率是因为mol2文件里面存在跨晶胞的成键关系,而同时里面又没有写晶胞信息。
1. 如果是要当作周期性体系处理,就加上CRYSIN字段。
2. 如果要当作孤立体系,那就删除跨盒子的键连关系(gaussView打开之后点击clean重新判断成键)。
3. 边缘的C补上H进行饱和也不失为一个好办法。

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发表于 Post on 2023-6-1 19:09:33 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2023-6-1 14:08
大概率是因为mol2文件里面存在跨晶胞的成键关系,而同时里面又没有写晶胞信息。
1. 如果是要当作周期性体 ...

方法一是直接在mdp文件里面加上CRYSIN字段就可以了是吗

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