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跑AIMD关于液体初始建模的问题

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吞木木

发布时间: 2023-5-4 18:58

正文摘要:

各位老师好：我最近想模拟液体的MD，但是初始建模一直调不好，尝试使用MS、packmol等程序通过密度构建液体（水、双氧水）的初始模型的时候，建立的氢键模型总是很离谱。而跑AIMD对初 ...

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吞木木 发表于 Post on 2023-5-6 18:32:52

sobereva 发表于 2023-5-6 07:04
强烈建议用gromacs的gmx solvate命令产生水盒子，非常方便，这样加的水和平衡状态的水是完全一致的
例如生 ...

收到收到，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2023-5-6 07:04:13

强烈建议用gromacs的gmx solvate命令产生水盒子，非常方便，这样加的水和平衡状态的水是完全一致的
例如生成2*5*4 nm的水盒子体系：gmx solvate -box 2 5 4 -o test.pdb

图省事可以直接用我编译好的gromacs的windows版：
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）
http://sobereva.com/458（http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html）

如果是产生双氧水盒子，没法直接用gmx solvate，因为GROMACS没有自带预平衡好的双氧水的结构文件。这时候可以先用GROMACS做NPT模拟得到平衡好的结构再给CP2K算。CP2K也支持经典力场的动力学，但不像GROMACS那样有方便的产生拓扑文件的sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）程序。

吞木木 发表于 Post on 2023-5-5 09:28:30

Entropy.S.I 发表于 2023-5-4 19:03
一种思路是先用经典MD弛豫再跑AIMD

好嘞好嘞，谢谢老师

Entropy.S.I 发表于 Post on 2023-5-4 19:03:11

一种思路是先用经典MD弛豫再跑AIMD

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