跑AIMD关于液体初始建模的问题

吞木木 · 发表于 Post on 2023-5-4 18:58:15

各位老师好：
我最近想模拟液体的MD，但是初始建模一直调不好，尝试使用MS、packmol等程序通过密度构建液体（水、双氧水）的初始模型的时候，建立的氢键模型总是很离谱。
而跑AIMD对初始模型的建立又很敏感，稍有一点不合适就不收敛，哪怕起始收敛了，后续也会很大可能跑不动，所以一个好的初始构型我觉得很重要，但是我不知道怎么建立好的初始模型。
就比如论文（https://www.nature.com/articles/s41467-022-29357-7）里的初始模型（附件

init.xyz (44.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) ）,可以看到水分子之间(不完全统计水层的密度为0.98g/cm3)建模很均匀，其之间的氢键位置都很好。

下边是我用PACKMOL、MS程序建立的模型:

简直不堪入目，我很羡慕别人建立的模型，请问各位老师，那种文献里的初始模型是怎么构建的啊，或者通过优化MS建立的初始模型能达到别人文献里的效果吗？

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-5-4 19:03:11

一种思路是先用经典MD弛豫再跑AIMD

吞木木 · 发表于 Post on 2023-5-5 09:28:30

Entropy.S.I 发表于 2023-5-4 19:03
一种思路是先用经典MD弛豫再跑AIMD

好嘞好嘞，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-6 07:04:13

强烈建议用gromacs的gmx solvate命令产生水盒子，非常方便，这样加的水和平衡状态的水是完全一致的
例如生成2*5*4 nm的水盒子体系：gmx solvate -box 2 5 4 -o test.pdb

图省事可以直接用我编译好的gromacs的windows版：
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）
http://sobereva.com/458（http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html）

如果是产生双氧水盒子，没法直接用gmx solvate，因为GROMACS没有自带预平衡好的双氧水的结构文件。这时候可以先用GROMACS做NPT模拟得到平衡好的结构再给CP2K算。CP2K也支持经典力场的动力学，但不像GROMACS那样有方便的产生拓扑文件的sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）程序。

吞木木 · 发表于 Post on 2023-5-6 18:32:52

sobereva 发表于 2023-5-6 07:04
强烈建议用gromacs的gmx solvate命令产生水盒子，非常方便，这样加的水和平衡状态的水是完全一致的
例如生 ...

收到收到，谢谢老师

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