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求助clayff力场的氧原子区分

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发布时间: 2023-5-15 20:17

正文摘要:

老师们好,我已经建立好了蒙脱石模型,现在想用clayff力场编写itp文件,但对这个力场参数中的几种氧原子区分不是很明白,像这张图片中的ohs oh怎么区分

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萌新杨同学 发表于 Post on 2023-5-16 20:12:01
本帖最后由 萌新杨同学 于 2023-5-17 19:38 编辑

ohs是连接在同晶置换的金属原子的羟基氧,oh就是普通的羟基氧
不建议你手搓拓扑文件(毕竟你连这个力场的各种原子都没搞清楚),有现成的clayff的拓扑工具包
比如,Michael Holmboe,2019, Clays and Clay Minerals发表的Matlab包atom,你可以把这个文章看一看
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Cygan et al.2021综述里的图,标注了各种原子类型





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