求助clayff力场的氧原子区分

wuxiaofei · 发表于 Post on 2023-5-15 20:17:02

老师们好，我已经建立好了蒙脱石模型，现在想用clayff力场编写itp文件，但对这个力场参数中的几种氧原子区分不是很明白，像这张图片中的ohs oh怎么区分

萌新杨同学 · 发表于 Post on 2023-5-16 20:12:01

本帖最后由萌新杨同学于 2023-5-17 19:38 编辑

ohs是连接在同晶置换的金属原子的羟基氧，oh就是普通的羟基氧
不建议你手搓拓扑文件（毕竟你连这个力场的各种原子都没搞清楚），有现成的clayff的拓扑工具包
比如，Michael Holmboe,2019, Clays and Clay Minerals发表的Matlab包atom，你可以把这个文章看一看
-------------------------------------------------------------
Cygan et al.2021综述里的图，标注了各种原子类型

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助clayff力场的氧原子区分

评分 Rate