求助，通过MS建模gromacs计算时体系出现问题

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发布时间: 2023-5-17 17:54

本帖最后由 wjx2022 于 2023-5-17 18:16 编辑请问各位老师，我通过MS构建了气液界面体系，因为我想尽可能控制液膜的厚度和大小，所以用MS建模比较接近实际密度用gromacs进行NVT计算的时候出现了液体上下分离的现 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-5-18 14:56:23

wjx2022 发表于 2023-5-18 10:04
好的，感谢老师解答！另外，不能用EnerPres的意思是不用色散校正这一项了吗？如果不用gen_te ...

是

不用产生初速度。或者在较低温度如100K产生初速度

wjx2022 发表于 Post on 2023-5-18 10:04:38

本帖最后由 wjx2022 于 2023-5-18 10:23 编辑

sobereva 发表于 2023-5-17 23:57
论坛里我说过无数次不要用all-bonds，论坛首页google框搜
如果靠这个才能跑下去，大概率是拓扑文件或参 ...

好的，感谢老师解答！另外，不能用EnerPres的意思是不用色散校正这一项了吗？如果不用gen_temp直接产生初速度，老师建议设置哪种方法呢？

sobereva 发表于 Post on 2023-5-17 23:57:39

wjx2022 发表于 2023-5-17 18:43
您能具体解释一下嘛？不好意思，我刚开始学习

论坛里我说过无数次不要用all-bonds，论坛首页google框搜
如果靠这个才能跑下去，大概率是拓扑文件或参数内在本身就有毛病

有明显真空区的体系绝对不能用EnerPres
不建议在较高温度用gen_temp直接产生初速度

wjx2022 发表于 Post on 2023-5-17 18:43:58

牧生发表于 2023-5-17 18:40
如果你同学也用了constraints = all-bonds，那么，他们的结果大概率就是有问题的。

您能具体解释一下嘛？不好意思，我刚开始学习

牧生 发表于 Post on 2023-5-17 18:40:25

如果你同学也用了constraints = all-bonds，那么，他们的结果大概率就是有问题的。

wjx2022 发表于 Post on 2023-5-17 18:18:42

sobereva 发表于 2023-5-17 17:57
拓扑文件或者mdp有问题，什么文件也不提供，谁都没法说

不好意思老师，我已经补充了，我的同学用packmol建模我们用同样的命令运行后，他的体系是正常的

sobereva 发表于 Post on 2023-5-17 17:57:52

拓扑文件或者mdp有问题，什么文件也不提供，谁都没法说

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