求助，通过MS建模gromacs计算时体系出现问题

wjx2022 · 发表于 Post on 2023-5-17 17:54:56

本帖最后由 wjx2022 于 2023-5-17 18:16 编辑

请问各位老师，我通过MS构建了气液界面体系，因为我想尽可能控制液膜的厚度和大小，所以用MS建模比较接近实际密度用gromacs进行NVT计算的时候出现了液体上下分离的现象，请问为什么会出现这样的现象？补充我的mdp文件
; 运行控制参数
integrator             = md
dt                      = 0.002 ; 时间步长(单位为ps, 我们使用了2 fs). 只用于动力学积分器(如md), 能量最小化时不需要
nsteps                = 5000 ; 模拟步数(总模拟时间为nsteps*dt)
; 输出控制参数
nstxout                = 500 ; 输出模拟坐标的频率(nstxout=500且dt=0.002, 所以每1 ps输出一次)
nstvout                = 500 ; 速度保存频率
nstenergy             = 500 ; 能量保存频率
nstlog                = 500 ; log文件输出频率
energygrps             = System
; 近邻列表参数
nstlist                = 5
ns_type                = grid
pbc                   = xyz
rlist                   = 1.0
; 静电和VDW参数
coulombtype             = PME  ; 长程静电相互作用的计算方法
pme_order             = 4 ; 三次插值
fourierspacing          = 0.16 ; FFT间隔
rcoulomb                = 1.0  ; 计算静电作用的截断值(单位nm)
vdw-type                = Cut-off
rvdw                   = 1.0
; 温度耦合部分非常重要, 必须正确填写.
tcoupl                = v-rescale          ; 随机重新调整速度
tc-grps                = System    ; 与控温器耦合的组(模型中的每个原子或残基都用一定的索引组表示), 对蛋白和非蛋白使用不同的组分开控制
tau_t                   = 0.1       ; 温度耦合的时间常数(单位ps). 必须每个tc_grps指定一个, 且顺序对应
ref_t                   = 300       ; 代表耦合的参考温度(即动力学模拟的温度, 单位K). 每个tc_grp对应一个ref_t
; 色散校正
DispCorr                = EnerPres ; 校正VDW截断
; 不使用压力耦合
pcoupl                = no                   ; NVT中不能使用压力耦合
; 初始速度选项
gen_vel                = yes ; 根据Maxwell分布随机产生速度
gen_temp                = 300 ; 当你改变温度时, 别忘了改变gen_temp变量以生成速度
gen_seed                = -1    ; 随机数生成器的种子
; 键约束选项
constraints             = all-bonds ; 使用LINCS算法约束所有键
continuation          = no          ; 第一次运行
constraint_algorithm    = lincs       ; 约束算法
lincs_iter             = 1          ; LINCS精度
lincs_order             = 4          ; LINCS阶数, 与精度有关

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-17 17:57:52

拓扑文件或者mdp有问题，什么文件也不提供，谁都没法说

wjx2022 · 发表于 Post on 2023-5-17 18:18:42

sobereva 发表于 2023-5-17 17:57
拓扑文件或者mdp有问题，什么文件也不提供，谁都没法说

不好意思老师，我已经补充了，我的同学用packmol建模我们用同样的命令运行后，他的体系是正常的

牧生 · 发表于 Post on 2023-5-17 18:40:25

如果你同学也用了constraints = all-bonds，那么，他们的结果大概率就是有问题的。

wjx2022 · 发表于 Post on 2023-5-17 18:43:58

牧生发表于 2023-5-17 18:40
如果你同学也用了constraints = all-bonds，那么，他们的结果大概率就是有问题的。

您能具体解释一下嘛？不好意思，我刚开始学习

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-17 23:57:39

wjx2022 发表于 2023-5-17 18:43
您能具体解释一下嘛？不好意思，我刚开始学习

论坛里我说过无数次不要用all-bonds，论坛首页google框搜
如果靠这个才能跑下去，大概率是拓扑文件或参数内在本身就有毛病

有明显真空区的体系绝对不能用EnerPres
不建议在较高温度用gen_temp直接产生初速度

wjx2022 · 发表于 Post on 2023-5-18 10:04:38

本帖最后由 wjx2022 于 2023-5-18 10:23 编辑

sobereva 发表于 2023-5-17 23:57
论坛里我说过无数次不要用all-bonds，论坛首页google框搜
如果靠这个才能跑下去，大概率是拓扑文件或参 ...

好的，感谢老师解答！另外，不能用EnerPres的意思是不用色散校正这一项了吗？如果不用gen_temp直接产生初速度，老师建议设置哪种方法呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-18 14:56:23

wjx2022 发表于 2023-5-18 10:04
好的，感谢老师解答！另外，不能用EnerPres的意思是不用色散校正这一项了吗？如果不用gen_te ...

是

不用产生初速度。或者在较低温度如100K产生初速度

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