求助：蛋白配体复合物在混合溶剂（含有4%（v/v）水的正己烷）中的模拟

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发布时间: 2023-6-13 09:37

老师们好！我之前只做过蛋白配体复合物咋水中的模拟，现在需要换成正己烷（含4%v/v水），我需要用packmol构建一个包含正己烷和水的盒子，还是直接在用gormac生成一个填充水的盒子，再往里面插入正己烷分子呢？可能表 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-6-13 12:06:21

youzi96 发表于 2023-6-13 10:54
谢谢老师！我准备按照您说的直接构建缓和溶剂的蛋白复合物模型，但是运行packmol时出现如下错误，麻烦您帮 ...

pdb文件格式不规矩

panernie 发表于 Post on 2023-6-13 10:17:46

都可以，你甚至直接可以用packmol直接搭建混合溶剂的蛋白质复合物模型

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