求助：蛋白配体复合物在混合溶剂（含有4%（v/v）水的正己烷）中的模拟

youzi96 · 发表于 Post on 2023-6-13 09:37:25

老师们好！我之前只做过蛋白配体复合物咋水中的模拟，现在需要换成正己烷（含4%v/v水），我需要用packmol构建一个包含正己烷和水的盒子，还是直接在用gormac生成一个填充水的盒子，再往里面插入正己烷分子呢？可能表述不规范，望各位老师包涵！

panernie · 发表于 Post on 2023-6-13 10:17:46

都可以，你甚至直接可以用packmol直接搭建混合溶剂的蛋白质复合物模型

youzi96 · 发表于 Post on 2023-6-13 10:54:06

谢谢老师！我准备按照您说的直接构建缓和溶剂的蛋白复合物模型，但是运行packmol时出现如下错误，麻烦您帮我看一下，谢谢！还有个小问题，现在配体需要放在蛋白里面吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-13 12:06:21

youzi96 发表于 2023-6-13 10:54
谢谢老师！我准备按照您说的直接构建缓和溶剂的蛋白复合物模型，但是运行packmol时出现如下错误，麻烦您帮 ...

pdb文件格式不规矩

youzi96 · 发表于 Post on 2023-6-13 13:17:21

老师，这是正己烷的pdb，麻烦您再帮我看看有哪个地方需要修改。我是在ATB网站下载的。谢谢！

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[GROMACS] 求助：蛋白配体复合物在混合溶剂（含有4%（v/v）水的正己烷）中的模拟