slxc920113 发表于 2024-10-31 09:46 老师，这个问题我已经解决了，谢谢哈 |
davi 发表于 2024-10-26 17:45 OPLS-2009IL力场并没有FSI的参数，显然遇到缺失的参数自动从备选的OPLS-AA中查找了，你可以选择CL&P，你截图的文献的力场参数也是来在CL&P，我稍后可以把CL&P的这个二面角补充到OPLS-2009IL中。 乘以2是因为Lammps程序内部计算的时候对应的OPLS形式的势函数每个系数前面还有个1/2（可以去查Lammps的手册）。 |
本帖最后由 davi 于 2024-10-26 12:47 编辑 slxc920113 发表于 2023-6-19 06:42 老师，您好，用了OPLS-2009IL建模FSI-阴离子，发现个问题，我看文献扭转项用的类型是OPLS(文献只给出了V1,V2,V3的值)，Autoff给出了四个(V1,V2,V3,V4),是不是文献默认V4为0哦。第二个点是，我建模好之后导出Moltemplate格式，发现Autoff给出来的值与文献不太对的上(给出的结果貌似少乘了个2？)，我是用采用lammps进行计算。最后一点是有些数据和文献完全对不上。给出Autoff和我看文献列出来的值 |
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Autoff.jpg (101.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
qyw 发表于 2023-6-21 20:01 解决了 |
slxc920113 发表于 2023-6-20 22:31 在anglestyle这块，FSI是harmonic,MOF是hybrid fourier cosine/periodic 同一体系的话，anglestyle该怎么设置呢，lammps手册没找到相关说明例子 |
qyw 发表于 2023-6-20 21:42 相同的pair形式和混合规则才可以一起用，例如GAFF和Amber系列的力场可以混用，OPLS系列的可以混用。1-4相互作用的系数如果不一样，在Lammps里面没有办法混用，在Gromacs里面可以手动展开参数。 还有一种情况就是每一组的pair都有具体的参数，不需要具体混合规则来计算。那也可以直接杂化使用。 如果两套力场的pair函数形式都不一样，那要么只能丢失一些精度近似拟合成相同的函数形式，要么全部用数值的table形式。 对于成键参数，包括bond，angle，dihedral和improper，在保证参数可靠的情况下，可以比较放心地杂化使用。 |
slxc920113 发表于 2023-6-19 11:42 您好，我还想问一下，lammps同一体系不同分子不同力场怎么实现的呢 |
slxc920113 发表于 2023-6-19 11:42 太感谢您了，看到您的回复，深感受教 |
本帖最后由 slxc920113 于 2023-6-19 11:43 编辑 qyw 发表于 2023-6-18 19:38 不知道你从哪里学来的这种换七八糟的操作，msi2lmp只是把MS格式的力场参数转换成lammps的data文件，这意味着你需要先在MS中整个盒子搭起来，然后选择合适的力场，识别原子类型，保存为car文件。 依赖msi2lmp也不是一个好习惯，因为MS只支持COMPASS、CVFF、PCFF和UFF等力场，其中COMPASS力场还是商业化的，除非你买了MS，否则你发文章是不能用的。另外MS的原子电荷模型非常粗糙，只有垃圾的gasteiger、qeq电荷和基于原子类型的BCI电荷。 LiFSI在体系中肯定是电离的，有专门为离子液体拟合的力场，比如OPLS-IL、CL&P等，另外你优化的LiFSI的结构都是错的，Li不是和N结合，而是和两个O结合。所以你的结构模型是错的，用OPLS-AA力场也是错的，拿Gaussian优化的单分子结构去调用msi2lmp生成data更是错上加错。 PS:这个帖子的分类也是错的，得放在分子模拟那儿。 正确的做法如下： 1. 先准备Li、FSI和其他溶剂分子的单独的结构文件。 2. 选择合适的力场，FSI可以用OPLS-IL2009或者CL&P力场，Li可以选择Merz力场或者OPLS-ION-2006力场，溶剂分子选择OPLS-AA/M力场，搭配RESP电荷或者1.14*CM1A电荷。 3. 对每个组分识别原子类型并创建拓扑文件或者moltemplate的模板文件，这个可以用AuToFF（https://cloud.hzwtech.com/web/pe ... e-tool/auto-ff-home）来完成。 4. 用packmo或者moltemplate程序l按照模拟体系的组分摩尔比创建混合的盒子。 5. in文件中重复写read data载入各个组分的拓扑，或者应moltemplate生成完整的data文件，推荐后者。 |
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| + 4 | 分析与讲解很受用，向您学习 |
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| + 2 | 不明觉厉 |
本帖最后由 slxc920113 于 2023-6-19 11:43 编辑 qyw 发表于 2023-6-19 09:56 packmol建模和lammps的cutoff无关，自己仔细阅读软件文档。 跑MD不可能用一个很小的盒子，如果出现盒子尺寸小于cutoff，那说明你建立的盒子太小，需要增大盒子尺寸与分子数目。 |
本帖最后由 qyw 于 2023-6-19 10:20 编辑 adong 发表于 2023-6-19 01:27 我想问问packmol,lammps盒子一般大于2*cutoff,那超过一个大分子了，怎么将大分子设置为放小分子的盒子呢 |
qyw 发表于 2023-6-18 22:39 如果是用lammps做模拟，建议用moltemplate工具辅助，分开添加，准备好各个组分的lt （力场参数） 和 xyz （组分坐标），用packmol生成体系坐标：system.xyz，用moltemplate的脚本根据system.xyz 和 组分lt文件生成最终的data文件 |
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| + 1 | 我很赞同 |
adong 发表于 2023-6-18 20:46 那如果结构一起放的话，直接在FSI.pdb里直接加LI+吗 |
qyw 发表于 2023-6-18 20:05 模型结构中可以一起放，也可以分开放；但是力场是分开的，FSI-和Li+的力场参数文献中有。 不是很清楚你的整体体系的具体情况，构建初始模拟结构可以用packmol，分子模板不懂怎么放。 |
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