通过高斯去优化LiFSI，通过msi2lmp.exe转lammps.data总出错 求助

qyw

通过高斯去优化LiFSI程序正常结束，附件和图是计算文件和计算完的
通过gassview将LI0.log转为LI0.mol文件，在MS打开保存为LI0.car文件
通过msi2lmp.exe转lammps.data文件时出现几个问题，如图
发现是PBC=OFF，导致原子类型冲突导致
目前，打算在MS新建晶胞后，将坐标信息输入，导出cif再转为lammps data文件
不知道有没有更好的办法，希望不吝赐教

wzkchem5

提问格式不符合论坛要求，按http://sobereva.com/620仔细修改帖子后我们再回答

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “LIFSI高斯优化” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

sobereva

我在http://bbs.keinsci.com/thread-38007-1-1.html的回帖里就已经说了，你先搞清楚你要优化的是什么东西，单分子还是周期性体系，不是后者gjf里就别写Tv，自找麻烦、自取其辱

另外，当前Gaussian计算正常结束，报错根本和Gaussian没直接关系。好好把问题完整细致描述清楚，一个字一个字认真看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）
上来就突然冒出一句 “转.data总是出错” 谁知道你具体怎么做的、.data文件具体指什么

qyw

sobereva 发表于 2023-6-18 17:48
我在http://bbs.keinsci.com/thread-38007-1-1.html的回帖里就已经说了，你先搞清楚你要优化的是什么东西， ...

抱歉，上传的gjf文件有误，计算删除了Tv.报错使用>msi2lmp.exe LI0 -class 0 -frc oplsaa> data.LI0生成报错，发现了是PBC=OFF，导致原子序列有问题。我想着在MS转cif，打算建立晶格后把.mol文件的坐标输进去

qyw

wzkchem5 发表于 2023-6-18 17:00
提问格式不符合论坛要求，按http://sobereva.com/620仔细修改帖子后我们再回答

好的

adong

qyw 发表于 2023-6-18 19:38
抱歉，上传的gjf文件有误，计算删除了Tv.报错使用>msi2lmp.exe LI0 -class 0 -frc oplsaa> data.LI0生成 ...

LiFSI是锂盐，在溶液中一般是解离状态，应该是优化FSI-，再转化生成对应的力场和结构文件

qyw

adong 发表于 2023-6-18 20:01
LiFSI是锂盐，在溶液中一般是解离状态，应该是优化FSI-，再转化生成对应的力场和结构文件

那请问这个LIFSI的话在lammps作为输入的话是可以用molecule 1 LIFSI.txt吗，还是分别放LI+和FSI-呢？我要算的体系是MOF中的LI+迁移路径问题

adong

qyw 发表于 2023-6-18 20:05
那请问这个LIFSI的话在lammps作为输入的话是可以用molecule 1 LIFSI.txt吗，还是分别放LI+和FSI-呢？我要 ...

模型结构中可以一起放，也可以分开放；但是力场是分开的，FSI-和Li+的力场参数文献中有。
不是很清楚你的整体体系的具体情况，构建初始模拟结构可以用packmol，分子模板不懂怎么放。

qyw

adong 发表于 2023-6-18 20:46
模型结构中可以一起放，也可以分开放；但是力场是分开的，FSI-和Li+的力场参数文献中有。
不是很清楚你 ...

那如果结构一起放的话，直接在FSI.pdb里直接加LI+吗

adong

qyw 发表于 2023-6-18 22:39
那如果结构一起放的话，直接在FSI.pdb里直接加LI+吗

如果是用lammps做模拟，建议用moltemplate工具辅助，分开添加，准备好各个组分的lt （力场参数） 和 xyz （组分坐标），用packmol生成体系坐标：system.xyz，用moltemplate的脚本根据system.xyz 和 组分lt文件生成最终的data文件

qyw

adong 发表于 2023-6-19 01:27
如果是用lammps做模拟，建议用moltemplate工具辅助，分开添加，准备好各个组分的lt （力场参数） 和 xyz  ...

我想问问packmol,lammps盒子一般大于2*cutoff,那超过一个大分子了，怎么将大分子设置为放小分子的盒子呢

slxc920113

qyw 发表于 2023-6-19 09:56
我想问问packmol,lammps盒子一般大于2*cutoff,那超过一个大分子了，怎么将大分子设置为放小分子的盒子呢

packmol建模和lammps的cutoff无关，自己仔细阅读软件文档。
跑MD不可能用一个很小的盒子，如果出现盒子尺寸小于cutoff，那说明你建立的盒子太小，需要增大盒子尺寸与分子数目。

slxc920113

qyw 发表于 2023-6-18 19:38
抱歉，上传的gjf文件有误，计算删除了Tv.报错使用>msi2lmp.exe LI0 -class 0 -frc oplsaa> data.LI0生成 ...

不知道你从哪里学来的这种换七八糟的操作，msi2lmp只是把MS格式的力场参数转换成lammps的data文件，这意味着你需要先在MS中整个盒子搭起来，然后选择合适的力场，识别原子类型，保存为car文件。

依赖msi2lmp也不是一个好习惯，因为MS只支持COMPASS、CVFF、PCFF和UFF等力场，其中COMPASS力场还是商业化的，除非你买了MS，否则你发文章是不能用的。另外MS的原子电荷模型非常粗糙，只有垃圾的gasteiger、qeq电荷和基于原子类型的BCI电荷。

LiFSI在体系中肯定是电离的，有专门为离子液体拟合的力场，比如OPLS-IL、CL&P等，另外你优化的LiFSI的结构都是错的，Li不是和N结合，而是和两个O结合。所以你的结构模型是错的，用OPLS-AA力场也是错的，拿Gaussian优化的单分子结构去调用msi2lmp生成data更是错上加错。

PS:这个帖子的分类也是错的，得放在分子模拟那儿。

正确的做法如下：
1. 先准备Li、FSI和其他溶剂分子的单独的结构文件。
2. 选择合适的力场，FSI可以用OPLS-IL2009或者CL&P力场，Li可以选择Merz力场或者OPLS-ION-2006力场，溶剂分子选择OPLS-AA/M力场，搭配RESP电荷或者1.14*CM1A电荷。
3. 对每个组分识别原子类型并创建拓扑文件或者moltemplate的模板文件，这个可以用AuToFF（https://cloud.hzwtech.com/web/pe ... e-tool/auto-ff-home）来完成。
4. 用packmo或者moltemplate程序l按照模拟体系的组分摩尔比创建混合的盒子。
5. in文件中重复写read data载入各个组分的拓扑，或者应moltemplate生成完整的data文件，推荐后者。

qyw

slxc920113 发表于 2023-6-19 11:42
不知道你从哪里学来的这种换七八糟的操作，msi2lmp只是把MS格式的力场参数转换成lammps的data文件，这意 ...

太感谢您了，看到您的回复，深感受教