NGC626 发表于 2023-7-2 12:45 相关问题别在两个帖子问，在http://bbs.keinsci.com/thread-38338-1-1.html里我提到你的当前模型本身就有硬伤 |
本帖最后由 NGC626 于 2023-7-2 12:54 编辑 sobereva 发表于 2023-6-29 00:08 老师好，①我在用CP2K对铱层吸附3个碳原子的结构做opt时，按照您之前的建议选用了PBE-D3(BJ)DZVP-MOLOPT-SR-GTH，体系共40个原子，我的电脑是12核16G，但是目前已经计算了3天还没有结果，请问这样的耗时正常吗？另外还想咨询一下sob老师，假如我用ORCA计算碳原子在过渡金属上吸附的簇模型，所有的结构均在40个原子以内，②选用什么计算级别合适呢？③耗时会不会很长呢？④能否计算出碳原子最稳定的吸附位点，吸附结构，吸附能这些数据呢？ |
NGC626 发表于 2023-6-28 18:50 冻结最下面一层，其它都放开 一般至少最下面一层应当冻结，以确保在优化过程中维持体相结构，要不然底层可能出现明显的表面弛豫甚至重构，就和体相相差很大了 |
本帖最后由 NGC626 于 2023-6-28 18:52 编辑 sobereva 发表于 2023-6-27 23:39 sob老师好，我在计算碳原子在过渡金属上的吸附能的时候，构建了3层衬底原子，请问在结构优化的这一步，需不需要把衬底外围未和碳原子接触的原子做冻结呢？我看到在有些文献中，例如10.1016/j.jcrysgro.2021.126047，他们文章中说衬底层构建了7层原子，下面4层原子固定，上面3层原子未固定，然而经过我向作者求证，他们实际计算中只构建了上面3层原子且没有做冻结，请问他们这样做有何影响呢？如何区分在哪些情况下需要做冻结，哪些情况下不需要冻结呢？ |
NGC626 发表于 2023-6-27 22:12 不能冻结，否则得不到真实的吸附能。结构该怎么变怎么变 |
本帖最后由 NGC626 于 2023-6-27 22:14 编辑 sobereva 发表于 2023-6-26 23:21 sob老师好，还有一个地方我不太明白，吸附结构经过优化之后，吸附原子的位置会发生偏离，请问如果想计算某个吸附位置的吸附能，是不是应该冻结这个吸附原子呢？如果不是的话，大致过程是什么样的呢？ |
sobereva 发表于 2023-6-26 23:21 谢谢sob老师 |
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是（假设每个衬底原子都是吸附位点） 可以 |
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