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cp2k对Ir(100)吸附碳原子做结构优化时,结构发生严重变形

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发布时间: 2023-7-2 19:51

正文摘要:

本帖最后由 NGC626 于 2023-7-3 08:41 编辑 各位老师好,我在利用CP2K对碳原子在过渡金属上的吸附模型做opt时,体系结构发生了严重的扭曲,如下左图所示,我用gview切出了100面,在上方放置了3个碳原子,覆盖率为 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-8-22 19:34:54
NGC626 发表于 2023-8-22 11:14
谢谢sob老师,我发现我所计算的体系是有空轨道的,请问我是否可以用CP2K做结构优化,然后用ORCA做振动分 ...

不计算空轨道不就完了

根本不是ORCA擅长计算的体系。
NGC626 发表于 Post on 2023-8-22 11:14:45
本帖最后由 NGC626 于 2023-8-22 11:16 编辑
sobereva 发表于 2023-8-22 05:08
肯定是输入文件哪里设错了。注意CP2K培训班这页ppt里强调的一点

谢谢sob老师,我发现我所计算的体系是有空轨道的,请问我是否可以用CP2K做结构优化,然后用ORCA做振动分析和计算NMR呢?
sobereva 发表于 Post on 2023-8-22 05:08:35
NGC626 发表于 2023-8-21 20:09
谢谢老师,我在尝试计算NMR时,程序出现以下报错,请问可能是什么原因造成的呢?

肯定是输入文件哪里设错了。注意CP2K培训班这页ppt里强调的一点


sobereva 发表于 Post on 2023-8-18 18:14:47
NGC626 发表于 2023-8-18 16:15
谢谢sob老师,

①我在利用revTPSS结合pcSseg-1计算碳原子在铱上吸附模型的NMR时,程序出现报错,错误 ...

自行去BSE上拷基组定义到文本文件里并且指定基组文件。要么就用def2-TZVP,就区区几个碳,用def2-TZVP比pcSseg-1也不会显著增加计算量
sobereva 发表于 Post on 2023-8-16 06:57:20

对碳,跟下文一样
revTPSS泛函结合pcSseg-1基组是计算NMR很好的选择
http://sobereva.com/623http://bbs.keinsci.com/thread-25918-1-1.html
Ir可以用常用的DZVP-MOLOPT-SR-GTH
NGC626 发表于 Post on 2023-8-15 09:04:11
sobereva 发表于 2023-8-15 03:26
说清楚对什么原子计算NMR

碳原子
sobereva 发表于 Post on 2023-8-15 03:26:03
NGC626 发表于 2023-8-14 10:35
谢谢sob老师,请问利用CP2K计算碳原子在铱上吸附模型的NMR用什么理论方法和基组比较合适呢?

说清楚对什么原子计算NMR
NGC626 发表于 Post on 2023-8-14 10:35:48
sobereva 发表于 2023-8-12 23:34
当前的基组文件里没定义这种基组,用其它的,诸如BASIS_MOLOPT_UZH里定义的

谢谢sob老师,请问利用CP2K计算碳原子在铱上吸附模型的NMR用什么理论方法和基组比较合适呢?
sobereva 发表于 Post on 2023-8-12 23:34:42
NGC626 发表于 2023-8-12 15:40
谢谢sob老师,我目前在超算上尝试PBE-D3(BJ)TZVP-MOLOPT-GTH的时候,程序发生报错,提示如下,请问这是因 ...

当前的基组文件里没定义这种基组,用其它的,诸如BASIS_MOLOPT_UZH里定义的
sobereva 发表于 Post on 2023-8-12 03:00:29
NGC626 发表于 2023-8-11 13:48
谢谢sob老师
①在考虑K点时,cp2k无法生成molden文件,请问可以从哪些输出文件下手,对结构做波函数分 ...

1 扩胞到只需要考虑gamma点就完了

2 CP2K输入文件里的晶胞信息一看就不对
      A     0.00000000     0.00000000     0.00000000
      B     0.00000000     0.00000000     0.00000000
怎么能都是0
NGC626 发表于 Post on 2023-8-11 13:48:52
本帖最后由 NGC626 于 2023-8-11 16:44 编辑
sobereva 发表于 2023-8-10 22:24
1 继续用PBE-D3(BJ)也可以。也可以尝试r2SCAN-D3(BJ)、M15L,可能结果更好。基组用TZVP-MOLOPT-GTH
晶胞 ...


谢谢sob老师
①在考虑K点时,cp2k无法生成molden文件,请问可以从哪些输出文件下手,对结构做波函数分析呢?
②我计算了碳原子在铱层上吸附结构的能量,程序发生报错,输入和输出文件如下,请问可能是什么原因造成的呢?

energy.rar

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