模拟水时出现writing lowest energy coordinates

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发布时间: 2023-7-8 22:04

本帖最后由 qjy111 于 2023-10-12 10:14 编辑请问一下，因为模拟离子液体是的密度误差在5.6%左右，加水后误差更大，在12%了，于是我进行了水的模拟，其中结构文件是通过自画的水分子，利用packmol生成pdb,再用gr ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-7-13 05:58:08

qjy111 发表于 2023-7-12 19:36
老师，在这个之前显示了如下警告，我看到之前是说具有内在不合理性，但是水的话我感觉画出结构不合理的可 ...

通常能量极小化过程不对水进行约束，即用柔性水。

另外，即便中途出现那种提示，只要最终顺利跑完了就行。

sobereva 发表于 Post on 2023-7-9 04:32:07

明明是标准正常提示，别说error了，就连个warning和note都没有
难道还盼望着程序出现报错提示？

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