模拟水时出现writing lowest energy coordinates

qjy111

请问一下，因为模拟离子液体是的密度误差在5.6%左右，加水后误差更大，在12%了，于是我进行了水的模拟，其中结构文件是通过自画的水分子，利用packmol生成pdb,再用gromacs自带命令转化为.gro生成的,但是进行能量最小化时出现如图上的问题writing lowest energy coordinates.，在模拟离子液体时是没出现过的，求问哪个步骤出了问题嘛

sobereva

明明是标准正常提示，别说error了，就连个warning和note都没有
难道还盼望着程序出现报错提示？

qjy111

sobereva 发表于 2023-7-9 04:32
明明是标准正常提示，别说error了，就连个warning和note都没有
难道还盼望着程序出现报错提示？

老师，在这个之前显示了如下警告，我看到之前是说具有内在不合理性，但是水的话我感觉画出结构不合理的可能性较低
step 15: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates

sobereva

qjy111 发表于 2023-7-12 19:36
老师，在这个之前显示了如下警告，我看到之前是说具有内在不合理性，但是水的话我感觉画出结构不合理的可 ...

通常能量极小化过程不对水进行约束，即用柔性水。

另外，即便中途出现那种提示，只要最终顺利跑完了就行。