GROMACS自定义RTP方式生成topol有参数空缺

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发布时间: 2023-7-13 21:19

如题。各位前辈，自己编写了一个非标准残基的RTP文件，然后用pdb2gmx生成topol过程时，虽然可以顺利得到但是在检查topol文件时发现里面的键角和二面角参数这两部分有几个缺失的参数（如图所示）然而结构上这些 ...

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社会主义小战士 发表于 Post on 2023-7-17 10:47:35

sobereva 发表于 2023-7-15 19:25
你若确信rtp没写错，而且那些项确实不该有，就手动删了就完了。没有根据距离判断的规则（除了specbond.dat ...

好的，谢谢社长！

社会主义小战士 发表于 Post on 2023-7-17 10:46:30

sobereva 发表于 2023-7-15 19:25
你若确信rtp没写错，而且那些项确实不该有，就手动删了就完了。没有根据距离判断的规则（除了specbond.dat ...

好的，谢谢社长！

社会主义小战士 发表于 Post on 2023-7-17 10:46:09

Arkin 发表于 2023-7-14 10:01
看情况：如果你自己准备的 RTP 文件在生成的 top 文件的预编译里，"#include your.rtp"，那么就没关系，`gm ...

我是把这个RTP文件放到forcefield.ff文件目录下的， "#include your.rtp"这一步是什么？

sobereva 发表于 Post on 2023-7-15 19:25:11

你若确信rtp没写错，而且那些项确实不该有，就手动删了就完了。没有根据距离判断的规则（除了specbond.dat里定义的情况）

Arkin 发表于 Post on 2023-7-14 10:01:26

看情况：如果你自己准备的 RTP 文件在生成的 top 文件的预编译里，"#include your.rtp"，那么就没关系，`gmx grompp` 在预处理的时候会自动找到缺失的参数。反之，你这步的预处理可能就不会通过。

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