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[GROMACS] GROMACS自定义RTP方式生成topol有参数空缺

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如题。
各位前辈,自己编写了一个非标准残基的RTP文件,然后用pdb2gmx生成topol过程时,虽然可以顺利得到
但是在检查topol文件时发现里面的键角和二面角参数这两部分有几个缺失的参数(如图所示)
然而结构上这些参数所对应的原子间并没有成键关系。
我想知道pdb2gmx为什么会有这样的结果呢?是程序bug么?或者是跟VMD类似是根据距离判断成键关系?

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发表于 Post on 2023-7-14 10:01:26 | 只看该作者 Only view this author
看情况:如果你自己准备的 RTP 文件在生成的 top 文件的预编译里,"#include your.rtp",那么就没关系,`gmx grompp` 在预处理的时候会自动找到缺失的参数。反之,你这步的预处理可能就不会通过。

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发表于 Post on 2023-7-15 19:25:11 | 只看该作者 Only view this author
你若确信rtp没写错,而且那些项确实不该有,就手动删了就完了。没有根据距离判断的规则(除了specbond.dat里定义的情况)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-17 10:46:09 | 只看该作者 Only view this author
Arkin 发表于 2023-7-14 10:01
看情况:如果你自己准备的 RTP 文件在生成的 top 文件的预编译里,"#include your.rtp",那么就没关系,`gm ...

我是把这个RTP文件放到forcefield.ff文件目录下的, "#include your.rtp"这一步是什么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-17 10:46:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-15 19:25
你若确信rtp没写错,而且那些项确实不该有,就手动删了就完了。没有根据距离判断的规则(除了specbond.dat ...

好的,谢谢社长!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-17 10:47:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-15 19:25
你若确信rtp没写错,而且那些项确实不该有,就手动删了就完了。没有根据距离判断的规则(除了specbond.dat ...

好的,谢谢社长!

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