dark_cosmos 发表于 2019-3-12 11:16 您好，请问用lammps做环氧树脂聚合物热解模拟后，用vmd处理dump文件，先用pbc unwrap，再用pbc wrap -compound res -all后，还是有很多长键要怎么处理？ |
dark_cosmos 发表于 2019-3-12 11:16 啊， 我看到有像苯环的 哈哈 谢谢你 |
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-3-12 09:26 这个是环氧树脂的 |
dark_cosmos 发表于 2019-1-12 23:10 请问您做的这个体系是聚苯乙烯吗？我看着像 |
dark_cosmos 发表于 2019-1-12 23:10 谢谢老师！ |
sour1993 发表于 2019-1-23 13:16 谢谢你！ |
| 换成-pbc mol试试？如果想简略看的话也可以试试vmd的drawing method里的dynamic bond |
dark_cosmos 发表于 2019-1-12 23:10 老师， 如果是gromacs 这种情况改怎么处理呢？ 我使用gromacs的 -pbc nojump 还是这样 |
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-1-10 20:00 如果你用的是gromacs使用trjconv处理最好，使用lammps的话先pbc unwrap，这个时候分子会炸的得很开，然后在pbc wrap -compound res -all进来就好 |
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gmx trjconv -f prod.xtc -s prod.gro -pbc nojump -o prod2.xtc 在GMX里运行这个命令，其中prod2.xtc是修正后的 |
dark_cosmos 发表于 2019-1-10 19:38 对的， 我是对轨迹文件进行编辑的，那么请问您是怎么解决的呢？ |
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-1-10 15:13 没记错的话。这个命令对于轨迹文件有效，单个pdb文件没有效果的 |
| 请问大佬的问题解决了吗？能不能说说？目前也面临相同问题，即使用了-pbc nojump 还是会出现上图情况， |
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vmd的键是取的载入第一帧判断成键，首先看成键信息对不对 然后才是轨迹的坐标 gromacs里面有个-pbc mol，是保持分子完整 vmd直接把轨迹unwrap all完全展开应该也行，不过好像对轨迹也有要求 两帧之间隔太远的话可能会判断出错 |
| 参与人数Participants 1 | eV +1 | 收起 理由Reason |
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