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[VMD] VMD显示pbc的问题

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发表于 2016-8-14 19:47:04 | 显示全部楼层 |阅读模式
最近做了一个聚合物的模拟,结果文件导为pdb,然后导入VMD中,使用了各种办法使用是没有办法去除这种big jumps的键。我尝试过PBCTools工具,unwrap是一点反应都没有,其他的一些命令wrap、join等都是有效果的,不知道是那个地方没有注意到,纠结了半天了,请各位高手指点一下,谢谢大家

pbc

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发表于 2016-8-14 20:18:22 | 显示全部楼层
vmd的键是取的载入第一帧判断成键,首先看成键信息对不对
然后才是轨迹的坐标
gromacs里面有个-pbc mol,是保持分子完整
vmd直接把轨迹unwrap all完全展开应该也行,不过好像对轨迹也有要求
两帧之间隔太远的话可能会判断出错

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发表于 2019-1-10 15:13:25 | 显示全部楼层
请问大佬的问题解决了吗?能不能说说?目前也面临相同问题,即使用了-pbc nojump 还是会出现上图情况,
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 楼主| 发表于 2019-1-10 19:38:30 | 显示全部楼层
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-1-10 15:13
请问大佬的问题解决了吗?能不能说说?目前也面临相同问题,即使用了-pbc nojump 还是会出现上图情况,

没记错的话。这个命令对于轨迹文件有效,单个pdb文件没有效果的

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发表于 2019-1-10 20:00:15 | 显示全部楼层
dark_cosmos 发表于 2019-1-10 19:38
没记错的话。这个命令对于轨迹文件有效,单个pdb文件没有效果的

对的, 我是对轨迹文件进行编辑的,那么请问您是怎么解决的呢?
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发表于 2019-1-12 11:06:41 | 显示全部楼层
gmx trjconv -f prod.xtc -s prod.gro -pbc nojump -o prod2.xtc
在GMX里运行这个命令,其中prod2.xtc是修正后的

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 楼主| 发表于 2019-1-12 23:10:19 | 显示全部楼层
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-1-10 20:00
对的, 我是对轨迹文件进行编辑的,那么请问您是怎么解决的呢?

如果你用的是gromacs使用trjconv处理最好,使用lammps的话先pbc unwrap,这个时候分子会炸的得很开,然后在pbc wrap -compound res -all进来就好

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发表于 2019-1-13 17:06:52 | 显示全部楼层
dark_cosmos 发表于 2019-1-12 23:10
如果你用的是gromacs使用trjconv处理最好,使用lammps的话先pbc unwrap,这个时候分子会炸的得很开,然后 ...

老师, 如果是gromacs 这种情况改怎么处理呢? 我使用gromacs的 -pbc  nojump 还是这样
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发表于 2019-1-23 13:16:23 | 显示全部楼层
换成-pbc mol试试?如果想简略看的话也可以试试vmd的drawing method里的dynamic bond

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发表于 2019-3-12 08:53:43 | 显示全部楼层
sour1993 发表于 2019-1-23 13:16
换成-pbc mol试试?如果想简略看的话也可以试试vmd的drawing method里的dynamic bond

谢谢你!
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发表于 2019-3-12 08:54:12 | 显示全部楼层
dark_cosmos 发表于 2019-1-12 23:10
如果你用的是gromacs使用trjconv处理最好,使用lammps的话先pbc unwrap,这个时候分子会炸的得很开,然后 ...

谢谢老师!
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发表于 2019-3-12 09:26:39 | 显示全部楼层
dark_cosmos 发表于 2019-1-12 23:10
如果你用的是gromacs使用trjconv处理最好,使用lammps的话先pbc unwrap,这个时候分子会炸的得很开,然后 ...

请问您做的这个体系是聚苯乙烯吗?我看着像
不爱吃地三鲜的话我们很难做朋友哦

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 楼主| 发表于 2019-3-12 11:16:56 | 显示全部楼层
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-3-12 09:26
请问您做的这个体系是聚苯乙烯吗?我看着像

这个是环氧树脂的

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发表于 2019-3-12 16:45:51 | 显示全部楼层
dark_cosmos 发表于 2019-3-12 11:16
这个是环氧树脂的

啊, 我看到有像苯环的 哈哈 谢谢你
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