Frozen-Penguin 发表于 2023-8-6 14:14
1.具体原因根据给出的信息很难判断，应该是有问题，如果找不出问题可以把这一组去掉
2.补充采样缺失的区 ...

谢谢老师的解答，我再去算一下

Lym 发表于 2023-8-6 12:35
老师您好，
       我从牵引轨迹中，选择窗口间距为0.2nm（获得的窗口数量为11个：以），曲线如下：

1.具体原因根据给出的信息很难判断，应该是有问题，如果找不出问题可以把这一组去掉
2.补充采样缺失的区域即可，没有数据的部分默认会将PMF的值输出为0
3.获取PMF的error bar的方式之一是使用bootstrap算法，可以通过gmx wham的-nBootstrap选项使用，具体情况在手册上有介绍

Frozen-Penguin 发表于 2023-8-5 14:13
这条曲线看起来是合理的，牵引开始的时候有阻力，所以拉力为正，阻力消失后，分子跑到牵引点前面，所以拉 ...

谢谢老师的耐心解答！

Lym 发表于 2023-8-5 10:23
老师您好，我选择direction的方式拉这个分子能实现跨膜，1.但是我绘制力随时间变化的曲线（如下图1）波动 ...

这条曲线看起来是合理的，牵引开始的时候有阻力，所以拉力为正，阻力消失后，分子跑到牵引点前面，所以拉力为负，然后逐渐稳定。  
牵引过程为伞形采样提供初始构象，只要可以正确得到构象，牵引的具体细节就不是很重要，得到的构象是否正确合理，需要根据具体的研究内容判断。
如果体系是对称的，可以只算一半，以减小盒子大小，进而减小计算量。

Frozen-Penguin 发表于 2023-8-2 15:05
用VMD可能需要写脚本，可以参考这里http://bbs.keinsci.com/thread-21896-1-1.html
也可以用gromacs计算， ...

谢谢老师的指点，我去试着算一下，（还有谢谢老师的提醒，确实要计算的是PMF平均力势）

用VMD可能需要写脚本，可以参考这里http://bbs.keinsci.com/thread-21896-1-1.html
也可以用gromacs计算，准备一个ndx包含需要计算质心距离的2组，然后

1. gmx distance -f PDB -n NDX -select "com of group 1 plus com of group 2" -oav

复制代码

上面的group 1和group 2表示ndx文件中的组1和组2也可以都改成group+组名
另外你要算的是不是PMF（potential of mean force），而不是PFM

Frozen-Penguin 发表于 2023-8-1 15:00
只需要1个itp，[molecules]部分都写SOL

老师，如何能够利用VMD知道小分子的中心距离与我在膜下选择的的另一个分子的距离呢？（因为在做PFM的时候，我们不是应该选择好两个组并需要控制这两个组之间的距离要小于盒子Z轴长，但是这个距离我总是有时候控制不好就报错了）

Frozen-Penguin 发表于 2023-8-1 15:00
只需要1个itp，[molecules]部分都写SOL

谢谢老师！我已经按照您告诉的方法改啦，确实可以接着运行啦！

只需要1个itp，[molecules]部分都写SOL