计算PFM过程前的能量最小化报错

Lym · 发表于 Post on 2023-8-1 00:46:58

本帖最后由 Lym 于 2023-8-1 10:01 编辑

不好意思各位老师，之前的问题没描述清楚，重新修改后如下：

老师，我当前试图计算拉小分子(6IH)跨过膜(DPPC)的PFM, 但是在能量最小化的时候就报错了，报错提示如下：

是不是top文件设置错了？这里的第一个水的数量是膜的模型中带的水，第二个水是放入分子后又用水把剩余盒子填满（这里可以重复加入水，然后多次引用itp么？这里的spc2.itp 和spc.itp是相同的，只不过在之前提示SOL被重复定义然后才改的）

min.map文件如下：

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-8-1 15:00:29

只需要1个itp，[molecules]部分都写SOL

Lym · 发表于 Post on 2023-8-1 15:27:10

Frozen-Penguin 发表于 2023-8-1 15:00
只需要1个itp，[molecules]部分都写SOL

谢谢老师！我已经按照您告诉的方法改啦，确实可以接着运行啦！

Lym · 发表于 Post on 2023-8-2 08:40:28

Frozen-Penguin 发表于 2023-8-1 15:00
只需要1个itp，[molecules]部分都写SOL

老师，如何能够利用VMD知道小分子的中心距离与我在膜下选择的的另一个分子的距离呢？（因为在做PFM的时候，我们不是应该选择好两个组并需要控制这两个组之间的距离要小于盒子Z轴长，但是这个距离我总是有时候控制不好就报错了）

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-8-2 15:05:02

用VMD可能需要写脚本，可以参考这里http://bbs.keinsci.com/thread-21896-1-1.html
也可以用gromacs计算，准备一个ndx包含需要计算质心距离的2组，然后

gmx distance -f PDB -n NDX -select "com of group 1 plus com of group 2" -oav

复制代码

上面的group 1和group 2表示ndx文件中的组1和组2也可以都改成group+组名
另外你要算的是不是PMF（potential of mean force），而不是PFM

Lym · 发表于 Post on 2023-8-2 18:16:14

Frozen-Penguin 发表于 2023-8-2 15:05
用VMD可能需要写脚本，可以参考这里http://bbs.keinsci.com/thread-21896-1-1.html
也可以用gromacs计算， ...

谢谢老师的指点，我去试着算一下，（还有谢谢老师的提醒，确实要计算的是PMF平均力势）

Lym · 发表于 Post on 2023-8-5 10:23:58

Frozen-Penguin 发表于 2023-8-2 15:05
用VMD可能需要写脚本，可以参考这里http://bbs.keinsci.com/thread-21896-1-1.html
也可以用gromacs计算， ...

老师您好，我选择direction的方式拉这个分子能实现跨膜，1.但是我绘制力随时间变化的曲线（如下图1）波动的比较大，我想知道是什么原因导致的呢？(与我设置的pull_coord1_k = 3000有关系吗？）这个曲线是合理的么？黄色圆圈：小分子（6IH)

2.如果我想讨论的是小分子在跨膜过程中受到膜的相互作用（势能大小），我可以选择的窗口起始位置（这个范围内取样么？）

初次接触这些内容，希望老师能不要介意我提出的简单问题，恳请老师能再次指点！

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-8-5 14:13:13

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2023-8-5 14:14 编辑

Lym 发表于 2023-8-5 10:23
老师您好，我选择direction的方式拉这个分子能实现跨膜，1.但是我绘制力随时间变化的曲线（如下图1）波动 ...

这条曲线看起来是合理的，牵引开始的时候有阻力，所以拉力为正，阻力消失后，分子跑到牵引点前面，所以拉力为负，然后逐渐稳定。
牵引过程为伞形采样提供初始构象，只要可以正确得到构象，牵引的具体细节就不是很重要，得到的构象是否正确合理，需要根据具体的研究内容判断。
如果体系是对称的，可以只算一半，以减小盒子大小，进而减小计算量。

Lym · 发表于 Post on 2023-8-5 14:44:12

Frozen-Penguin 发表于 2023-8-5 14:13
这条曲线看起来是合理的，牵引开始的时候有阻力，所以拉力为正，阻力消失后，分子跑到牵引点前面，所以拉 ...

谢谢老师的耐心解答！

Lym · 发表于 Post on 2023-8-6 12:35:20

本帖最后由 Lym 于 2023-8-7 13:17 编辑

Frozen-Penguin 发表于 2023-8-5 14:13
这条曲线看起来是合理的，牵引开始的时候有阻力，所以拉力为正，阻力消失后，分子跑到牵引点前面，所以拉 ...

老师您好，
我从牵引轨迹中，选择窗口间距为0.2nm（获得的窗口数量为11个：以），曲线如下：

1. 对于箭头(1)的位置，没有数值。这里我疑惑的点在于我从记录6IH和膜的质心距离数据中没有看到为负值的情况，为什么这里会有x轴对应负值的曲线呢？相应文件如下：

2. 对于箭头(2)的位置，是不是表明在6IH和膜质心距离在这个位置没有取样所导致的，是不是只需要提出所对应的第几帧再进行计算就可以了呢？
3.我查相应的帖子，看到有别的老师建议PFM应该是选择”有误差线的PFM曲线“，请问这里有误差线的PFM是如何得到的呢？

再次麻烦您了！

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-8-6 14:14:03

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2023-8-6 14:15 编辑

Lym 发表于 2023-8-6 12:35
老师您好，
我从牵引轨迹中，选择窗口间距为0.2nm（获得的窗口数量为11个：以），曲线如下：

1.具体原因根据给出的信息很难判断，应该是有问题，如果找不出问题可以把这一组去掉
2.补充采样缺失的区域即可，没有数据的部分默认会将PMF的值输出为0
3.获取PMF的error bar的方式之一是使用bootstrap算法，可以通过gmx wham的-nBootstrap选项使用，具体情况在手册上有介绍

Lym · 发表于 Post on 2023-8-6 15:06:42

Frozen-Penguin 发表于 2023-8-6 14:14
1.具体原因根据给出的信息很难判断，应该是有问题，如果找不出问题可以把这一组去掉
2.补充采样缺失的区 ...

谢谢老师的解答，我再去算一下

Lym · 发表于 Post on 2023-8-11 10:54:10

本帖最后由 Lym 于 2023-8-23 10:50 编辑

Frozen-Penguin 发表于 2023-8-6 14:14
1.具体原因根据给出的信息很难判断，应该是有问题，如果找不出问题可以把这一组去掉
2.补充采样缺失的区 ...

（已解决）
老师，我之前的磷脂膜是采用Kukol平衡后的模型（64*2=128个磷脂，膜面积大约是6nm*6nm左右）,但是当前我想要扩大膜的面积（10nm*10nm）所以就只能再次利用chammi-gui重新建模并在charmm36力场下将膜跑平衡了。但是，我现在有一个问题，对于小的纳米材料（6IHD（二氧化硅），之前使用ATB选择54a7力场做的计算）现在因为膜采用charmm36所以尽量想让6IHD分子也能够得到其在相同、或者兼容力场下的itp，所以我采用了一下两个方式：
第一种：利用CGenFF软件来进行，将6IHD利用gaussview->mol2文件进行提交，但是出现如下的报错，(这里为什么不能够识别Si原子呢？）
文件1：6IHD.mol2

图1.报错提示
第二种：通过查阅文献，发现可以使用SwissParam得到这个小分子的itp，但是产生的原子类型，我在新的charmm36以及gromacs的top文件下的charmm27我也没有找到对应的原子类型，以至于不知道该引用哪个力场（这里我想表达的意思是在top文件中的#include forcefield.itp）

图2.文献原文
利用SwissParam得到的小分子itp：

上面两个方式是我哪里操作有问题嘛？，以及是否还有什么更好的办法能够获得6IHD分子的拓扑文件嘛？（能够被charmm36力场或者兼容力场识别的）
再次恳请老师指点！

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