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求助VRC-VTST是否可以计算过渡态而非解离和缔合

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发布时间: 2023-8-3 01:37

正文摘要:

目前看到的文献(Barrierless association of CF2 and dissociation of C2F4 by variational transition-state theory and system-specific quantum Rice–Ramsperger–Kassel theory)以及另一篇研究C2H6均是通过定义 ...

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liurui 发表于 Post on 2023-8-3 13:58:27
dantevinsky 发表于 2023-8-3 13:44
Master Equation Study of Hydrogen Abstraction from HCHO by OH Via a Chemically Activated Intermediat ...

收到,谢谢老师,非常感谢!!!!
dantevinsky 发表于 Post on 2023-8-3 13:44:54
Master Equation Study of Hydrogen Abstraction from HCHO by OH Via a Chemically Activated Intermediate
liurui 发表于 Post on 2023-8-3 13:28:15
dantevinsky 发表于 2023-8-3 11:30
这个是文献的doi,使用的时候前面加上doi.org/访问即可。
第二个文献就是能垒为负的

老师,我仍然我找到第二篇文献,方便提供文献题目,谢谢老师!感谢!!!
liurui 发表于 Post on 2023-8-3 13:23:15
dantevinsky 发表于 2023-8-3 11:30
这个是文献的doi,使用的时候前面加上doi.org/访问即可。
第二个文献就是能垒为负的

收到老师,我去拜读一下。
dantevinsky 发表于 Post on 2023-8-3 11:30:37
liurui 发表于 2023-8-3 10:01
谢谢老师,我好像理解您的意思,VRC-VTST适应没有过渡态的并且优化得到的复合物本身离的很远的情况,您提 ...

这个是文献的doi,使用的时候前面加上doi.org/访问即可。
第二个文献就是能垒为负的
liurui 发表于 Post on 2023-8-3 10:01:09
dantevinsky 发表于 2023-8-3 08:41
你都找到过渡态了,我个人的浅薄理解是不用VRC算的,VRC适合处理的是那种两个碎片的长程的缔合过程,这样才 ...

谢谢老师,我好像理解您的意思,VRC-VTST适应没有过渡态的并且优化得到的复合物本身离的很远的情况,您提供的第一种方法,在方法学介绍中看到‘’The single-structure CVT rate constants were determined by direct dynamics calculations using Polyrate5 and Gaussrate6 programs.老师您的意思是CVT方法就可以支持势垒很小和势垒为负的反应吗?仔细研读了第一篇文献,反应的能垒扔然是正值,老师我关心的是考虑零点能后自由能垒为负的情况,不知道这种方法是否还适应,谢谢老师;
老师,您提供的第二种方法并未找到,找到了gpgwin,显然不是您说的这个,希望可以详细的讨论,谢谢老师!非常感谢!!!
dantevinsky 发表于 Post on 2023-8-3 08:41:33
你都找到过渡态了,我个人的浅薄理解是不用VRC算的,VRC适合处理的是那种两个碎片的长程的缔合过程,这样才能满足VRC的 过渡态与反应物“conserved mode”相消 的假设。我在你之前的帖子里说了,你这个体系很有可能存在complex,你沿着IRC找一找。如果存在complex的话,你有很多方法可以计算这种反应的速率常数,例如:
1. 10.1021/jacs.7b12773
2. 10/gpgwkn
至于你提的问题:
pivot point是VRC计算的关键问题之一,且目前没有鲁棒的解决方法,只能视情况而定

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