ddddxg 发表于 2023-12-3 15:53 您好，我重新上传到了OneDrive，链接如下https://u.kyoto-u.jp/mfikv 不清楚国内的网络能不能访问。如果无法访问请联系我，我会上传到国内的云盘。 |
wangzhe 发表于 2023-8-8 11:04 您好，我是一名硕士一年级的学生，非常想使用您的py.Aroma 3工具，但是我好像进不去下载页面，可能是国内网络限制的原因。不知道您是否方便邮件发给我，我的邮箱是fpc1129@foxmail.com。如果会给您添麻烦请您不必为此烦恼，我也可以尝试用其他方式解决。不论如何，都万分感谢您开发了这样一个工具，以及在您的网站上的发言都让我受益良多。 |
sobereva 发表于 2023-11-29 00:42 可以了，果然每一步都要好好看，感谢sob！ |
lycheeho 发表于 2023-11-28 11:10 仔细看当前帖子，搞清楚Multiwfn启动后首先载入的是什么文件 显然不能这里载入out文件 |
sobereva 发表于 2023-11-27 23:26 好的sob，算完后的.out文件载入Multiwfn，按照您详细的教程： 25 //离域性与芳香性分析 14 //绘制NICS二维平面图 1 //填色图 [回车] //用默认的格点数，即两个方向都是100个点，因此要计算100*100=10000个Bq 0 //设置延展距离 1 //1 Bohr。对当前体系用比默认小得多的延展距离便足以，免得图中有过多的体系外围的不感兴趣的区域。不知道什么叫延展距离的话看《Multiwfn FAQ》（http://sobereva.com/452）的4.2节 1 //XY平面 1a //Z=1埃 2 //载入高斯输出文件.out 文件路径 5 // NICS_zz 成功绘制，接着改图像细节 4 //显示原子标签 1 //红色 -1 //查看图像 出错，图像全红 |
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lycheeho 发表于 2023-11-27 15:57 必须提供输入文件和完整操作步骤，使得我能重复出你的情况 |
sobereva 发表于 2023-8-8 22:21 Sob老师您好！请问我用上述方法成功绘制ICSS平面图，但想显示元素符号以及化学键的时候，发现设置完相应参数图像就如附件一样出错了，请问该如何解决呢？谢谢~ |
202311271557343393..png (39.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)
乐平 发表于 2023-8-8 21:43 没有例子我不太清楚具体是什么情况 寻找序号的问题，在GaussView里按住r键把要考虑的原子圈成黄色（可以再按住c然后点击个别原子修改选择状态），然后Tools - Atom selection界面里把原子序号直接拷出来粘贴到Multiwfn窗口里即可，很省事 |
sobereva 发表于 2023-8-8 21:17 谢谢 Sob 老师回复，但是您发的链接里就有我之前讨论的内容， http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 09&fromuid=1532 从 26 楼到最后 还是得一个一个输入每个环的编号，对于非平面的多环结构（40多个环，6个类似的多环分子），实在是脖子疼死…… |
乐平 发表于 2023-8-8 10:26 对于绘制二维NICS图，本文的做法对扭曲环完全适用，照常输入环上原子序号就行了，没有任何特殊性 对于算扭曲环的NICS(0)ZZ、NICS(1)ZZ，Multiwfn都有现成功能 利用Multiwfn计算倾斜、扭曲环的NICS_ZZ http://sobereva.com/261（http://bbs.keinsci.com/thread-297-1-1.html） |
wangzhe 发表于 2023-8-8 11:04 非常感谢！ 正好可以试试用来处理结果！ |
乐平 发表于 2023-8-8 11:26 本人写过一个计算NICS的工具py.Aroma(https://wongzit.github.io/program/pyaroma/)，使用了NetworkX库，可以自动识别分子中的环结构并在指定高度上添加Bq原子。计算后的输出文件用py.Aroma打开可以给出所有位置的NICS值。有兴趣可以尝试一下。下面的截图给的是平面分子，但是扭曲的分子也一样适用。 PS：但是对于CPP, C60这种环状和球状分子识别不准确。 |
スクリーンショット 2023-08-08 11.03.08.png (314.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 39)
output
スクリーンショット 2023-08-08 11.03.44.png (343.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 41)
| 参与人数Participants 2 | eV +10 | 收起 理由Reason |
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| + 5 | 好物！ |
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| + 5 | 好物！ |
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平面结构这样的确省时省力好多！ 扭曲结构还是得一个环一个环找几何中心，确定各个几何中心平面上下各 1 angstrom 的点。计算结束后再一个环一个环地获得数据。脖子都断了…… |
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