求助：能量最小化中冻结水分子而报错Can not invert matrix, determinant = -inf

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发布时间: 2023-8-17 18:00

各位大佬们好。由于某些原因，在进行分子动力学模拟的能量最小化过程中，我需要冻结包括水在内的所有重原子。在em的grompp过程中没有问题，而到了mdrun步骤，gromacs报错“Can not invert matrix, determinant = -in ...

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wudiazhu 发表于 Post on 2024-12-17 00:50:29

今天也遇到这个报错了，折腾了半天发现是只冻结水氧原子的话得用柔性水，即在mdp文件里加入define = -DFLEXIBLE来启用水力场的键伸缩等参数。不知是不是bug，我用的版本是2023版的GROMACS，主要这个报错也看不出什么东西....

icecream 发表于 Post on 2023-8-18 10:44:05

sobereva 发表于 2023-8-18 04:51
用CPU版计算再试，如果也有这个问题，改成通过位置限制势实现固定

好的谢谢我试试

sobereva 发表于 Post on 2023-8-18 04:51:46

用CPU版计算再试，如果也有这个问题，改成通过位置限制势实现固定

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