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[GROMACS] 求助:能量最小化中冻结水分子而报错Can not invert matrix, determinant = -inf

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各位大佬们好。由于某些原因,在进行分子动力学模拟的能量最小化过程中,我需要冻结包括水在内的所有重原子。在em的grompp过程中没有问题,而到了mdrun步骤,gromacs报错“Can not invert matrix, determinant = -inf” ,由于第一次使用冻结组,不知道这个问题如何解决。另外我尝试了不冻结水分子的氧原子就不会出现这个错误,不知道是否是因为冻结水氧原子而导致的?谷歌这个问题我没有找到答案,求助大佬门!
em的mdp文件 以及gromacs报错信息在图中显示

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202308171759524505..png

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发表于 Post on 2023-8-18 04:51:46 | 只看该作者 Only view this author
用CPU版计算再试,如果也有这个问题,改成通过位置限制势实现固定
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-18 10:44:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-18 04:51
用CPU版计算再试,如果也有这个问题,改成通过位置限制势实现固定

好的 谢谢 我试试

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发表于 Post on 2024-12-17 00:50:29 | 只看该作者 Only view this author
今天也遇到这个报错了,折腾了半天发现是只冻结水氧原子的话得用柔性水,即在mdp文件里加入define = -DFLEXIBLE来启用水力场的键伸缩等参数。不知是不是bug,我用的版本是2023版的GROMACS,主要这个报错也看不出什么东西....

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