这边： 16、处理周期性：  gmx trjconv -s md_0_50.tpr -f md_0_50.xtc -o md_0_50_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact
改成： gmx trjconv -s md_0_50.tpr -f md_0_50.xtc -o md_0_50_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact -center ，选择 1 (protein) , 输出到0 (system)
你不把蛋白质设置到中心，输出的东西里面蛋白质肯定在乱跑

帖子标题不得乱用叹号，置顶的新社员必读贴以及http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html都明确说了。这次给你改了，下次乱用叹号直接删帖扣分处理。

运行trjconv的时候-s选项换一个文件，-s是用作参考的文件，而你选择的tpr文件中的结构可能已经因为边界条件而分开了，这样自然无法修复，可以换一个结构完整gro文件作为参考

博主你好，最近也对肽--蛋白有一些疑惑，这里想求教一下：
1. 这里的肽与蛋白复合物，是docking之后的复合物，然后进行的MD吗？
2. 还有一个疑问就是，这种个位数氨基酸的短肽，应该怎么去构建它的结构呢？Avogadro这种进行构建吗（还是说有一些其它的脚本可以构建）？这种结构构建完成后，是否需要进行能量最小化，确保稳定性、合理性，再进行一些与细胞膜的MD，是不是会更好、更稳定呢？
谢谢博主。