多肽-蛋白的模拟，MD完成后，周期性处理，轨迹还是会跑出盒子，求助

猛虎下山嗷嗷嗷

一、进行短肽（5个氨基酸）——蛋白的动力学模拟，先跑了50ns的MD，然后进行周期性处理，跑了RMSD，发现有点飘，通过VMD看轨迹，没有跑出盒子。
以下是我的命令：

1、生成蛋白拓扑：
gmx pdb2gmx -f pro_pep.pdb -o pro_processed.gro -water tip3p -ignh -ter

2、加盒子：
gmx editconf -f pro_processed.gro -o newbox.gro -c -bt cubic -d 1.0

3、加溶剂：
gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro

5、生成加离子所需的tpr文件：
gmx grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr -maxwarn 1

6、加反离子：
gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -nn 3   

7、生成能量最小化所需的tpr文件：
gmx grompp -f em_real.mdp -c solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr

8、执行能量最小化：
gmx mdrun -v -deffnm em

9、取消对配体限制, 修改nvt.mdp文件: 删除开头处的define这一整行，然后找到tc-grps = Protein_JZ4 Water_and_ions这一行，就是删掉JZ4部分。改成成tc-grps = Protein Water_and_ions 。选择组别选择protein所在的组别。
gmx make_ndx -f em.gro -o index.ndx

10、生成nvt预平衡所需的tpr文件
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr

11、执行nvt：
gmx mdrun -deffnm nvt -v -nb gpu -update gpu

12、生成npt预平衡所需的tpr文件：（mdp文件修改同上）
gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr -r nvt.gro -n index.ndx

13、执行npt：
gmx mdrun -deffnm npt -v -nb gpu -update gpu

14、生成md平衡所需的tpr文件：
gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_100.tpr -r npt.gro

15、执行md：
gmx mdrun -deffnm md_0_100 -v -nb gpu -update gpu

16、处理周期性：  gmx trjconv -s md_0_50.tpr -f md_0_50.xtc -o md_0_50_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact #0 system




二、因为RMSD不太平稳，我就修改了md.mdp 时间，跑100ns，结果就出现了跑出盒子的情况，而且蛋白被拆成了两半。



三、我在谷歌上找到了一种解决周期性处理不好的方法，https://gromacs.bioexcel.eu/t/correcting-periodicity-in-gmx/165/3。whole，nojump，mol迭代使用。但依旧无法解决。命令如下：

gmx trjconv -s md_0_100.tpr -f md_0_100.xtc -o md_0_100_whole.xtc -pbc whole

gmx trjconv -s md_0_100.tpr -f md_0_100_whole.xtc -o md_0_100_whole_nojump.xtc -pbc nojump

gmx trjconv -s md_0_100.tpr -f md_0_100_whole_nojump.xtc -o md_0_100_whole_nojump_mol.xtc -pbc mol -ur compact


四、我在公社里看到了在md.mdp 里设置消除平动转动组，我是这样修改的，不知道是否正确。重跑了MD还是不行。



小白折腾了好久还是不知道问题出在哪，求大神指点！！！

dongxianxian

博主你好，最近也对肽--蛋白有一些疑惑，这里想求教一下：
1. 这里的肽与蛋白复合物，是docking之后的复合物，然后进行的MD吗？
2. 还有一个疑问就是，这种个位数氨基酸的短肽，应该怎么去构建它的结构呢？Avogadro这种进行构建吗（还是说有一些其它的脚本可以构建）？这种结构构建完成后，是否需要进行能量最小化，确保稳定性、合理性，再进行一些与细胞膜的MD，是不是会更好、更稳定呢？
谢谢博主。

Frozen-Penguin

运行trjconv的时候-s选项换一个文件，-s是用作参考的文件，而你选择的tpr文件中的结构可能已经因为边界条件而分开了，这样自然无法修复，可以换一个结构完整gro文件作为参考

sobereva

帖子标题不得乱用叹号，置顶的新社员必读贴以及http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html都明确说了。这次给你改了，下次乱用叹号直接删帖扣分处理。

pupukoNANA

这边： 16、处理周期性：  gmx trjconv -s md_0_50.tpr -f md_0_50.xtc -o md_0_50_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact
改成： gmx trjconv -s md_0_50.tpr -f md_0_50.xtc -o md_0_50_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact -center ，选择 1 (protein) , 输出到0 (system)
你不把蛋白质设置到中心，输出的东西里面蛋白质肯定在乱跑