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求助：Gromacs在真空环境下nvt遇到Segmentation fault (core dumped)

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zlinbm

发布时间: 2023-9-30 12:33

正文摘要:

想用GROMACS在真空环境下跑一下RAPTA（结构如图1）的模拟（数据来源J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 33, 10921–10928）。但是苯环原子没有保持在一个平面上（图2），最后整个分子也裂开了（图3）。能量最小化时，最大 ...

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zlinbm 发表于 Post on 2023-9-30 16:58:36

Sob老师您好，我之前也和导师谈过用Sobtop和mSeminario的方法，他让我先尝试这根据这篇文献（J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 33, 10921–10928）的参数去跑一下。我在itp里也尝试用improper dihedral去限制苯环的原子，但结果也不大理想，苯环还是会变形。

sobereva 发表于 Post on 2023-9-30 14:49:26

参考此文创建拓扑文件
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

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