计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › Gromacs进行蛋白质-DNA复合物的模拟时能量最小化报错

Gromacs进行蛋白质-DNA复合物的模拟时能量最小化报错

查看数: 1335 | 评论数: 4 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

mengdan1234

发布时间: 2023-10-3 21:22

正文摘要:

各位老师好，学生使用gmx 2020版本进行蛋白质-DNA复合物的模拟时，使用charm27力场，进行到能量最小化步骤时，使用gmx grompp -f em.mdp -c solvated.gro -p complex.top -o em.tpr -maxwarn 3 产生em.tpr后，报错： ...

回复 Reply

mengdan1234 发表于 Post on 2023-10-4 08:53:04

sobereva 发表于 2023-10-3 21:31
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必 ...

学生改正，谢谢老师回复。

sobereva 发表于 Post on 2023-10-3 21:33:27

显然你想通过位置限制限制到什么结构，-r后面就跟什么结构的文件

跟位置限制没直接关系。通常都是拓扑文件不合理或者跟结构文件不对应所致

sobereva 发表于 Post on 2023-10-3 21:31:33

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Gromacs进行蛋白质-DNA复合物的模拟” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

mengdan1234 发表于 Post on 2023-10-3 21:30:19

这是complex.top 中的限制描述

; Include forcefield parameters
#include "charmm27.ff/forcefield.itp"

; Include chain topologies
#include "complex_DNA_chain_C.itp"
#include "complex_DNA_chain_D.itp"
#include "complex_Protein_chain_A.itp"
#include "posre_DNA_chain_C.itp"
#include "posre_DNA_chain_D.itp"
#include "posre_Protein_chain_A.itp"

; Include water topology
#include "charmm27.ff/tip3p.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
; i funct fcx fcy fcz
1 1 1000 1000 1000
#endif

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register