Gromacs进行蛋白质-DNA复合物的模拟时能量最小化报错

mengdan1234

各位老师好，学生使用gmx 2020版本进行蛋白质-DNA复合物的模拟时，使用charm27力场，进行到能量最小化步骤时，使用gmx grompp -f em.mdp -c solvated.gro -p complex.top -o em.tpr -maxwarn 3 产生em.tpr后，报错：
Fatal error:Cannot find position restraint file restraint.gro (option -r).
From GROMACS-2018, you need to specify the position restraint coordinate files
explicitly to avoid mistakes, although you can still use the same file as you
specify for the -c option.
然后 我增加了-r 选项，更新为 gmx grompp -f em.mdp -c solvated.gro -p complex.top -o em.tpr  -r complex.gro -maxwarn 3
[问：限制性坐标文件gro怎么产生的哦？]
在之后的em.tpr任务中产生大量sepxx.pdb文件，vmd查看后发现有结构中蛋白质断裂，不知道断裂是不是因为前述的位置限制文件.gro没有生成所导致的？


感谢各位大佬

mengdan1234

这是complex.top 中的限制描述

; Include forcefield parameters
#include "charmm27.ff/forcefield.itp"

; Include chain topologies
#include "complex_DNA_chain_C.itp"
#include "complex_DNA_chain_D.itp"
#include "complex_Protein_chain_A.itp"
#include "posre_DNA_chain_C.itp"
#include "posre_DNA_chain_D.itp"
#include "posre_Protein_chain_A.itp"

; Include water topology
#include "charmm27.ff/tip3p.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

sobereva

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Gromacs进行蛋白质-DNA复合物的模拟” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

sobereva

显然你想通过位置限制限制到什么结构，-r后面就跟什么结构的文件

跟位置限制没直接关系。通常都是拓扑文件不合理或者跟结构文件不对应所致

mengdan1234

sobereva 发表于 2023-10-3 21:31
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必 ...

学生改正，谢谢老师回复。