Frozen-Penguin 发表于 2023-10-16 19:50
图一应该不算报错，这个信息意思是能量最小化已经无法继续降低能量，但没有达到预先设置的Fmax的要求，这对 ...

谢谢您的回复，问题已解决

图一应该不算报错，这个信息意思是能量最小化已经无法继续降低能量，但没有达到预先设置的Fmax的要求，这对一些体系是正常的，提示信息的括号里也是这么说的。
出现图二中问题的原因的top文件中分子的顺序和gro文件中不一致，所以化学键全搞错了。
gro文件中的分子依次是sub,heme,Protein......
top文件中[ molecules ]写的是

1. [ molecules ]
   
2. ; Compound        #mols
   
3. Protein_chain_A     1
   
4. Ion_chain__         1
   
5. heme 1
   
6. sub 1
   
7. SOL         10368
   
8. NA               12

复制代码

两者的顺序需要一致