蛋白配体复合物模拟，加入抗衡离子过后蛋白质结构散架

Linrude

请教一下各位老师，我在用GROMACS做蛋白配体复合物的时候，在使用以下命令产生tpr文件进入加入抗衡离子平衡电荷以后准备做能量极小化：

gmx grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr-maxwarn 1

gmx genion -s em.tpr -p topol.top -o system.gro –neutral

结果发现老是出现图一的报错，用VMD查看上一步得到的system.gro的结构时发现蛋白质的骨架出现了如图二的情况。用到的文件已添加在附件，麻烦各位老师指导一下这种异常情况出现的原因以及解决办法，谢谢。

Frozen-Penguin

图一应该不算报错，这个信息意思是能量最小化已经无法继续降低能量，但没有达到预先设置的Fmax的要求，这对一些体系是正常的，提示信息的括号里也是这么说的。
出现图二中问题的原因的top文件中分子的顺序和gro文件中不一致，所以化学键全搞错了。
gro文件中的分子依次是sub,heme,Protein......
top文件中[ molecules ]写的是

1. [ molecules ]
   
2. ; Compound        #mols
   
3. Protein_chain_A     1
   
4. Ion_chain__         1
   
5. heme 1
   
6. sub 1
   
7. SOL         10368
   
8. NA               12

复制代码

两者的顺序需要一致

Linrude

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-16 19:50
图一应该不算报错，这个信息意思是能量最小化已经无法继续降低能量，但没有达到预先设置的Fmax的要求，这对 ...

谢谢您的回复，问题已解决