使用GMX模拟有机小分子在硅基底上沉积过程出现分子速度莫名减小的问题

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发布时间: 2023-10-20 11:04

本帖最后由 Yaocy 于 2023-10-20 16:46 编辑我在利用GROMACS模拟如下有机分子在硅基底上的沉积过程，模拟思路是利用bash脚本循环调用gmx进行模拟，并利用python随机插入新的分子（并赋予竖直向下的初速度）再模 ...

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Yaocy 发表于 Post on 2023-10-23 12:19:08

sobereva 发表于 2023-10-22 00:07
会

好的，谢谢社长

sobereva 发表于 Post on 2023-10-22 00:07:45

Yaocy 发表于 2023-10-21 10:32
好的，谢谢社长我昨天尝试将打下来的分子单独分组不控温看起来能正常运行了。
不过如果用NVE ...

会

Yaocy 发表于 Post on 2023-10-21 10:32:56

sobereva 发表于 2023-10-21 05:51
当前这种问题不适合用热浴，应当用NVE，否则碰撞速度都不可控。至少打下来的分子不应当被控温

好的，谢谢社长

我昨天尝试将打下来的分子单独分组不控温看起来能正常运行了。
不过如果用NVE，也就是不对已经沉积在基底上的分子进行控温，会不会出现温度越来越高的情况，因为不断有新的带初速度的分子加入这个体系，谢谢社长

sobereva 发表于 Post on 2023-10-21 05:51:50

当前这种问题不适合用热浴，应当用NVE，否则碰撞速度都不可控。至少打下来的分子不应当被控温

Yaocy 发表于 Post on 2023-10-20 15:32:06

喵星大佬发表于 2023-10-20 11:42
用了热浴么

老师好，tcoupl设置为了v-rescale，是因为它会重新缩放速度导致速度变化吗，谢谢老师

喵星大佬 发表于 Post on 2023-10-20 11:42:59

用了热浴么

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